PDB-3n96: Crystal structure of human CRFR2 alpha extracellular domain in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n96

タイトル

Crystal structure of human CRFR2 alpha extracellular domain in complex with Urocortin 1

要素

Maltose binding protein-CRFR2 alpha
Urocortin

キーワード

Membrane protein (膜タンパク質) /

Hormone (ホルモン) / Class B-GPCR /

Extracellular domain / CRFR2 alpha extracellular domain /

Neuropeptide / Selectivity

機能・相同性

機能・相同性情報

histone deacetylase inhibitor activity /

corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of behavioral fear response / negative regulation of hormone secretion / varicosity / response to auditory stimulus /

急性アルコール中毒 / negative regulation of appetite /

corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding ...

histone deacetylase inhibitor activity /

corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of behavioral fear response / negative regulation of hormone secretion / varicosity / response to auditory stimulus /

急性アルコール中毒 / negative regulation of appetite /

corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / neuropeptide hormone activity / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of cell size / Class B/2 (Secretin family receptors) / response to pain / detection of maltose stimulus /

maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / negative regulation of feeding behavior /

startle response / positive regulation of calcium ion import /

social behavior /

学習 / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of collagen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of DNA replication / positive regulation of cAMP-mediated signaling /

細胞呼吸 / axon terminus / response to glucocorticoid /

regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of blood pressure / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / positive regulation of translation / female pregnancy / sensory perception of sound / positive regulation of interleukin-6 production /

vasodilation / neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space /

perikaryon / positive regulation of cell growth / response to oxidative stress / negative regulation of neuron apoptotic process /

ペリプラズム / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression /

樹状突起 / DNA damage response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Homo Sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Pal, K. / Swaminathan, K. / Pioszak, A.A. / Xu, H.E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis of ligand selectivity in human CRFR1 and CRFR2 alpha extracellular domain
著者: Pal, K. / Swaminathan, K. / Pioszak, A.A. / Xu, H.E.

履歴

登録	2010年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	3n93SC 3n95C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n93-d 1yvf-2 3n95-3 3odm-4 5d7a-d 3n95-2 5fv9-1 4ayg-2 7jxu-d 4ayg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#138 - 2011年6月
グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)
#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

B: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

C: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

D: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

E: Urocortin

F: Urocortin

G: Urocortin

H: Urocortin

ヘテロ分子

222 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

D: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

F: Urocortin

G: Urocortin

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2

B: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

C: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

E: Urocortin

H: Urocortin

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3

A: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

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B: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

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5

C: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

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6

D: Maltose binding protein-CRFR2 alpha

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7

E: Urocortin

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1.95 kDa, 1 ポリマー

8

F: Urocortin

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1.95 kDa, 1 ポリマー

9

G: Urocortin

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10

H: Urocortin

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1.95 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.063, 211.551, 107.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.370, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	ALA	ALA	1	A	A	-369 - -6	3 - 366
2	1	LYS	LYS	ALA	ALA	1	B	B	-369 - -6	3 - 366
1	2	LYS	LYS	ALA	ALA	1	B	B	-369 - -6	3 - 366
2	2	LYS	LYS	ALA	ALA	1	C	C	-369 - -6	3 - 366
1	3	LYS	LYS	ALA	ALA	1	C	C	-369 - -6	3 - 366
2	3	LYS	LYS	ALA	ALA	1	D	D	-369 - -6	3 - 366
1	4	ALA	ALA	ILE	ILE	2	A	A	4 - 101	376 - 473
2	4	ALA	ALA	ILE	ILE	2	B	B	4 - 101	376 - 473
1	5	ALA	ALA	PRO	PRO	2	B	B	4 - 30	376 - 402
2	5	ALA	ALA	PRO	PRO	2	C	C	4 - 30	376 - 402
1	6	ALA	ALA	PRO	PRO	2	C	C	4 - 30	376 - 402
2	6	ALA	ALA	PRO	PRO	2	D	D	4 - 30	376 - 402
1	7	PRO	PRO	ILE	ILE	2	B	B	36 - 101	408 - 473
2	7	PRO	PRO	ILE	ILE	2	C	C	36 - 101	408 - 473
1	8	PRO	PRO	ILE	ILE	2	C	C	36 - 101	408 - 473
2	8	PRO	PRO	ILE	ILE	2	D	D	36 - 101	408 - 473
1	9	ALA	ALA	VAL	VAL	2	E	E	31 - 41	6 - 16
2	9	ALA	ALA	VAL	VAL	2	F	F	31 - 41	6 - 16
1	10	ALA	ALA	VAL	VAL	2	F	F	31 - 41	6 - 16
2	10	ALA	ALA	VAL	VAL	2	G	G	31 - 41	6 - 16
1	11	GLN	GLN	VAL	VAL	2	G	G	33 - 41	8 - 16
2	11	GLN	GLN	VAL	VAL	2	H	H	33 - 41	8 - 16

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

#1: タンパク質

Maltose binding protein-CRFR2 alpha

分子量: 53146.746 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRFR2 alpha / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9*PLUS

#2: タンパク質・ペプチド

Urocortin /

分子量: 1949.134 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 107-122 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55089

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 栄養素

栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 10% PEG 6000 0.1M Sodium acetate(pH 4.6) 0.1M MgCl2 14% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1.07818 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07818 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 59140 / % possible obs: 95.52 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N93

3n93

解像度: 2.75→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 34.316 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	2922	5 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.237	58007	95.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.23 Å² / B_iso mean: 62.237 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.52 Å²	0 Å²	-3.9 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15054	0	92	103	15249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	15530
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.968	21122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.385	5	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.456	25.581	697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.725	15	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.595	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	11846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.209	1.5	9641
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.323	2	15441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.516	3	5885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.793	4.5	5681

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2826	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	2826	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
2	B	2826	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
2	B	2826	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
3	C	2826	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	C	2826	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
4	A	392	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	A	369	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
4	A	392	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
4	A	369	MEDIUM THERMAL	0.1	2
5	B	108	TIGHT POSITIONAL	0.1	0.05
5	B	91	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
5	B	108	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
5	B	91	MEDIUM THERMAL	0.15	2
6	C	108	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
6	C	91	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
6	C	108	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
6	C	91	MEDIUM THERMAL	0.13	2
7	B	264	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
7	B	262	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
7	B	264	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
7	B	262	MEDIUM THERMAL	0.13	2
8	C	264	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
8	C	262	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
8	C	264	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
8	C	262	MEDIUM THERMAL	0.13	2
9	E	44	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
9	E	46	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
9	E	44	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
9	E	46	MEDIUM THERMAL	0.06	2
10	F	44	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
10	F	46	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
10	F	44	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
10	F	46	MEDIUM THERMAL	0.08	2
11	G	36	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
11	G	40	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
11	G	36	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
11	G	40	MEDIUM THERMAL	0.03	2

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	213	-
R_work	0.305	4161	-
all	-	4374	-
obs	-	-	98.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0239	-0.0677	-0.5327	1.602	1.0133	3.01	0.1199	-0.0695	0.0582	-0.0167	-0.0601	-0.1138	-0.0862	-0.0501	-0.0598	0.0142	-0.0077	0.0079	0.0129	-0.0098	0.0319	2.9982	32.0987	31.0533
2	1.0795	0.0962	0.5316	1.7271	1.0234	2.8896	0.1275	0.0495	-0.0458	0.0478	-0.0323	-0.0604	0.0916	-0.031	-0.0953	0.0306	-0.0029	0.0149	0.0084	-0.0115	0.0363	-23.9389	71.7397	73.4496
3	1.4442	0.5265	-0.3972	2.4742	0.5052	2.5869	0.0353	-0.2831	-0.2177	0.4215	-0.037	0.1549	0.5036	-0.0578	0.0018	0.199	0.0008	0.0514	0.1279	0.0296	0.1231	-27.7994	75.8335	15.209
4	1.4398	-0.4479	0.3824	2.3732	0.6339	2.7646	0.0139	0.269	0.2073	-0.5059	-0.0199	0.1453	-0.5122	-0.0571	0.006	0.2032	-0.0068	0.0098	0.1273	0.0189	0.1068	-0.4612	28.0382	89.2535
5	5.8645	2.1063	-1.069	3.7047	-1.0868	0.6814	0.0179	-0.1435	0.1121	0.056	-0.0203	-0.1164	-0.1158	0.2808	0.0024	0.0848	-0.0399	-0.0063	0.2583	-0.046	0.1048	14.4642	8.1267	54.7621
6	5.0704	-2.1757	0.9149	3.004	0.0937	1.5193	0.0647	0.2311	-0.1989	0.0279	0.004	-0.147	0.1251	0.226	-0.0687	0.0912	-0.0204	0.086	0.2024	-0.0309	0.1483	-12.7676	95.6865	49.1547
7	4.6251	0.8893	-0.7638	2.6287	-2.9622	3.4046	-0.0467	0.0005	0.0926	0.0646	0.1185	0.1313	-0.1157	-0.1324	-0.0718	0.0729	0.0273	-0.0147	0.1188	-0.0242	0.138	-40.4336	95.1794	50.7971
8	4.5625	-0.5647	0.8091	3.2163	-2.3995	2.3416	-0.065	-0.0166	-0.126	0.017	0.0839	0.062	0.1327	-0.153	-0.0189	0.0586	-0.042	0.0456	0.1262	-0.0216	0.09	-13.4339	8.6407	54.0161
9	1.1389	-1.1874	3.6091	1.2469	-3.7994	11.7828	0.4284	0.028	-0.121	-0.2656	0.1082	0.2095	0.6854	0.5336	-0.5367	0.8452	0.0419	0.1326	1.1005	0.0534	0.8619	17.7289	16.5271	36.4345
10	5.001	2.5389	-15.0763	1.29	-7.6589	45.5139	0.5736	-0.4253	0.105	0.2551	-0.1364	0.0799	-1.3233	1.3434	-0.4371	1.0975	-0.0907	-0.2694	0.8888	-0.0367	0.8042	-9.1104	86.1159	65.0128
11	9.3121	-2.0621	-10.4954	13.9048	-12.6989	28.8134	0.2473	1.1217	0.1064	-1.5841	0.0494	-0.0388	1.2552	-1.1993	-0.2967	0.3973	-0.2928	0.0851	1.0107	-0.34	0.2756	-43.5654	88.7844	32.0187
12	5.7284	6.7325	0.104	12.5675	-9.8489	23.4462	0.3817	-0.6454	-0.0909	1.4515	-0.1753	-0.2498	-1.082	-0.358	-0.2064	0.747	0.4545	-0.1108	0.7021	-0.3462	0.3079	-16.6242	15.2351	72.4985

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-369 - 2
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-369 - 2
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-369 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-369 - 2
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	3 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 101
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	3 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	G	28 - 41
10	X-RAY DIFFRACTION	10	H	32 - 41
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	26 - 41
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	26 - 41

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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