+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n6u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Effector binding domain of TsaR in complex with its inducer p-toluenesulfonate | ||||||
要素 | LysR type regulator of tsaMBCD | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATOR / Rossmann fold (ロスマンフォールド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Comamonas testosteroni (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Monferrer, D. / Uson, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural studies on the effector binding domain of TsaR 著者: Monferrer, D. / Perillo, M. / Sola, M. / Uson, I. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3n6u.cif.gz | 54.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3n6u.ent.gz | 39.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3n6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/3n6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/3n6u | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22369.703 Da / 分子数: 1 / 断片: Effector binding domain, UNP residues 91-295 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 株: T-2 / 遺伝子: tsa, tsaR / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P94678 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54179 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→25.78 Å / Num. obs: 17327 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.88 % / Rmerge(I) obs: 0.0267 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 20.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.97 Å / 冗長度: 1.87 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 4.75 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→25.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 3.686 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.112 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→25.78 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.869→1.917 Å / Total num. of bins used: 20
|