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- PDB-3n6d: Structure of endothelial nitric oxide synthase H373S single mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n6d
タイトルStructure of endothelial nitric oxide synthase H373S single mutant heme domain complexed with 6,6'-(2,2'-(5-amino-1,3-phenylene)bis(ethane-2,1-diyl))bis(4-methylpyridin-2-amine)
要素Nitric oxide synthase一酸化窒素合成酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / nitric oxide synthase (一酸化窒素合成酵素) / heme enzyme / substrate inhibitor / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / negative regulation of vasoconstriction / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of iron ion transmembrane transport / Ion homeostasis / azurophil granule / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / negative regulation of vasoconstriction / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of iron ion transmembrane transport / Ion homeostasis / azurophil granule / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / postsynaptic specialization, intracellular component / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / cadmium ion binding / regulation of heart contraction / negative regulation of serotonin uptake / multicellular organismal response to stress / regulation of sodium ion transport / ヘルト萼状シナプス / behavioral response to cocaine / striated muscle contraction / sodium channel regulator activity / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / postsynaptic density, intracellular component / negative regulation of calcium ion transport / regulation of neurogenesis / negative regulation of hydrolase activity / negative regulation of insulin secretion / response to vitamin E / xenobiotic catabolic process => GO:0042178 / negative regulation of heart contraction / regulation of sensory perception of pain / nitric-oxide synthase (NADPH) / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / 横行小管 / nitric oxide mediated signal transduction / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to epinephrine stimulus / vesicle membrane / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / nitric-oxide synthase activity / NADPH binding / arginine catabolic process / response to organonitrogen compound / positive regulation of histone acetylation / response to hormone / 筋小胞体 / nitric oxide biosynthetic process / response to nicotine / response to peptide hormone / muscle contraction / response to activity / cell periphery / response to nutrient levels / 分泌 / positive regulation of long-term synaptic potentiation / photoreceptor inner segment / 筋鞘 / response to organic cyclic compound / response to lead ion / cellular response to growth factor stimulus / Z disc / phosphoprotein binding / female pregnancy / establishment of protein localization / 血管拡張薬 / calcium-dependent protein binding / positive regulation of neuron death / cellular response to mechanical stimulus / FMN binding / brain development / scaffold protein binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to heat / NADP binding / transmembrane transporter binding / 核膜 / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to lipopolysaccharide / ATPase binding / response to estrogen / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / calmodulin binding / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / response to hypoxia / 老化 / 細胞骨格 / oxidoreductase activity / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / シナプス / 脂質ラフト
類似検索 - 分子機能
Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, oxygenase domain ...Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / FAD binding domain / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Riboflavin synthase-like beta-barrel / PDZ domain / Flavoprotein-like superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
カコジル酸 / テトラヒドロビオプテリン / Chem-XFN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide synthase, brain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Delker, S.L. / Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2010
タイトル: Role of zinc in isoform-selective inhibitor binding to neuronal nitric oxide synthase .
著者: Delker, S.L. / Xue, F. / Li, H. / Jamal, J. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L.
履歴
登録2010年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide synthase
B: Nitric oxide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,09811
ポリマ-99,3182
非ポリマー2,7809
37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9950 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area33010 Å2
手法PISA
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)57.224, 106.669, 156.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitric oxide synthase / 一酸化窒素合成酵素 / Endothelial NOS / eNOS / EC-NOS / NOS type III / NOSIII / Constitutive NOS / cNOS


分子量: 49659.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: NOS3 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P29476, nitric-oxide synthase (NADPH)

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非ポリマー , 6種, 30分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン / テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物 ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE / ジメチルアルシン酸 / カコジル酸


分子量: 137.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H7AsO2
#5: 化合物 ChemComp-XFN / 6,6'-[(5-aminobenzene-1,3-diyl)diethane-2,1-diyl]bis(4-methylpyridin-2-amine) / 6,6′-(5-アミノ-1,3-フェニレンビスエチレン)ビス(4-メチルピリジン-2-アミン)


分子量: 361.483 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C22H27N5
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THEIR DENSITY SUPPORT ARG AT THIS POSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 9-12% PEG 3350, 0.2M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 0.005M TCEP-HCl , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 18759 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 11.88
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 931 / Rsym value: 0.702 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
CNS精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.05→38.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 58.282 / SU ML: 0.488 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3 / ESU R Free: 0.55 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28921 922 4.9 %RANDOM
Rwork0.19869 ---
obs0.20323 17785 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.468 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→38.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6410 0 181 21 6612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.70429273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7725803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29823.438317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.288151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7031553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5191.54037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01526514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57832748
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7454.52759
LS精密化 シェル解像度: 3.054→3.132 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 60 -
Rwork0.265 1250 -
obs-1250 96.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82-0.0955-0.44481.47310.34542.1352-0.01550.05350.0162-0.30070.1319-0.2023-0.06680.125-0.11640.0841-0.07620.0120.2674-0.01350.308310.91910.51631.739
21.4079-0.38210.4871.4192-0.98392.6432-0.0362-0.1374-0.11560.12290.09240.0251-0.0691-0.1334-0.05630.0501-0.06570.00730.2804-0.01530.30292.8295.90367.934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A67 - 482
2X-RAY DIFFRACTION2B69 - 482

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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