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- PDB-3kc3: MK2 complexed to inhibitor N4-(7-(benzofuran-2-yl)-1H-indazol-5-y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kc3
タイトルMK2 complexed to inhibitor N4-(7-(benzofuran-2-yl)-1H-indazol-5-yl)pyrimidine-2,4-diamine
要素MAP kinase-activated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / MAPKAP-K2 / MK2 / TNFalpha / diaminopyrimidine / ATP-binding / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


飲作用 / CREB phosphorylation / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calmodulin-dependent protein kinase activity ...飲作用 / CREB phosphorylation / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of macrophage cytokine production / mitogen-activated protein kinase binding / regulation of interleukin-6 production / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / Toll様受容体 / p38MAPK cascade / inner ear development / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of cellular response to heat / p38MAPK events / regulation of mRNA stability / response to cytokine / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of TNFR1 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / positive regulation of tumor necrosis factor production / peptidyl-serine phosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / 炎症 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / 中心体 / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / extracellular exosome / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MK2 / MAP kinase-activated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Argiriadi, M.A. / Talanian, R.V. / Borhani, D.W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: 2,4-Diaminopyrimidine MK2 inhibitors. Part I: Observation of an unexpected inhibitor binding mode.
著者: Argiriadi, M.A. / Ericsson, A.M. / Harris, C.M. / Banach, D.L. / Borhani, D.W. / Calderwood, D.J. / Demers, M.D. / Dimauro, J. / Dixon, R.W. / Hardman, J. / Kwak, S. / Li, B. / Mankovich, J.A. ...著者: Argiriadi, M.A. / Ericsson, A.M. / Harris, C.M. / Banach, D.L. / Borhani, D.W. / Calderwood, D.J. / Demers, M.D. / Dimauro, J. / Dixon, R.W. / Hardman, J. / Kwak, S. / Li, B. / Mankovich, J.A. / Marcotte, D. / Mullen, K.D. / Ni, B. / Pietras, M. / Sadhukhan, R. / Sousa, S. / Tomlinson, M.J. / Wang, L. / Xiang, T. / Talanian, R.V.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
E: MAP kinase-activated protein kinase 2
F: MAP kinase-activated protein kinase 2
G: MAP kinase-activated protein kinase 2
H: MAP kinase-activated protein kinase 2
I: MAP kinase-activated protein kinase 2
J: MAP kinase-activated protein kinase 2
K: MAP kinase-activated protein kinase 2
L: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,02223
ポリマ－450,25612
非ポリマー3,76611
水36020
1
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
F: MAP kinase-activated protein kinase 2
H: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5916
ポリマ－112,5643
非ポリマー1,0273
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area42250 Å2
手法PISA
2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
E: MAP kinase-activated protein kinase 2
J: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5916
ポリマ－112,5643
非ポリマー1,0273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area41600 Å2
手法PISA
3
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
I: MAP kinase-activated protein kinase 2
L: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5916
ポリマ－112,5643
非ポリマー1,0273
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area42860 Å2
手法PISA
4
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
G: MAP kinase-activated protein kinase 2
K: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2495
ポリマ－112,5643
非ポリマー6852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area41050 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42480 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area147560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.351, 179.793, 214.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細1

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要素

#1: タンパク質
MAP kinase-activated protein kinase 2 / MAPK-activated protein kinase 2 / MAPKAP kinase 2 / MAPKAPK-2 / MK2


分子量: 37521.332 Da / 分子数: 12 / 断片: Kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-MK2 / N~4~-[7-(1-benzofuran-2-yl)-1H-indazol-5-yl]pyrimidine-2,4-diamine / N4-[7-(1-benzofuran-2-yl)-1H-indazol-5-yl]pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 342.354 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14N6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.75 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Na Citrate, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 116686 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.83 / Num. unique all: 10342 / Rsym value: 0.401

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 34.996 / SU ML: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.448 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29759 5825 5 %RANDOM
Rwork0.22987 ---
obs0.23324 110192 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27853 0 286 20 28159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02228789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9281.98138834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.38753383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.76723.8871294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.769155373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.86715197
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.24201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.213919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.219291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.21021
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3680.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3940.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0351.517612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.808227829
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.169312824
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5964.511005
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 349 -
Rwork0.28 6778 -
obs--83.22 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.026 Å / Origin y: 11.682 Å / Origin z: -26.966 Å
111213212223313233
T-0.0987 Å2-0.0403 Å20.0184 Å2-0.0078 Å2-0.046 Å2--0.002 Å2
L0.1428 °2-0.0842 °2-0.0439 °2-0.2034 °20.067 °2--0.1644 °2
S0.0298 Å °0.0115 Å °-0.0366 Å °-0.0327 Å °-0.0551 Å °0.0458 Å °0.069 Å °-0.0442 Å °0.0253 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 138
2X-RAY DIFFRACTION1A139 - 347
3X-RAY DIFFRACTION1B44 - 138
4X-RAY DIFFRACTION1B139 - 349
5X-RAY DIFFRACTION1C41 - 138
6X-RAY DIFFRACTION1C139 - 345
7X-RAY DIFFRACTION1D46 - 138
8X-RAY DIFFRACTION1D139 - 342
9X-RAY DIFFRACTION1E44 - 138
10X-RAY DIFFRACTION1E139 - 345
11X-RAY DIFFRACTION1F44 - 138
12X-RAY DIFFRACTION1F139 - 350
13X-RAY DIFFRACTION1G43 - 138
14X-RAY DIFFRACTION1G139 - 342
15X-RAY DIFFRACTION1H44 - 138
16X-RAY DIFFRACTION1H139 - 350
17X-RAY DIFFRACTION1I45 - 138
18X-RAY DIFFRACTION1I139 - 356
19X-RAY DIFFRACTION1J43 - 138
20X-RAY DIFFRACTION1J139 - 348
21X-RAY DIFFRACTION1K44 - 138
22X-RAY DIFFRACTION1K139 - 345
23X-RAY DIFFRACTION1L42 - 138
24X-RAY DIFFRACTION1L139 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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