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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k52 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Isopentenyl Phosphate Kinase from M. jannaschii in complex with IP | ||||||
要素 | isopentenyl phosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / small molecule kinase / ATP-binding / Methanocaldococcus jannaschii (メタノカルドコックス・ヤンナスキイ) / isopentenyl monophosphate / isopentenyl diphosphate (イソペンテニル二リン酸) / isoprenoid biosynthesis / mevalonate pathway (メバロン酸経路) / archaea (古細菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / isoprenoid biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
Model details | Crystal Structure of Isopentenyl Phosphate Kinase from M. jannaschii in complex with IP | ||||||
データ登録者 | Dellas, N. / Noel, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2010 タイトル: Mutation of archaeal isopentenyl phosphate kinase highlights mechanism and guides phosphorylation of additional isoprenoid monophosphates. 著者: Dellas, N. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k52.cif.gz | 112.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k52.ent.gz | 87.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k52.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/3k52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/3k52 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30009.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0044 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q60352 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: crystals were grown in 1.6M ammonium sulfate, transferred to 1.6M ammonium sulfate, 2mM IP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月27日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 19488 / Num. obs: 19309 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.88 % / Biso Wilson estimate: 54.186 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.53 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.81 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. measured obs: 10240 / Num. unique all: 3076 / Num. unique obs: 1818 / % possible all: 91.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→40.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / WRfactor Rfree: 0.269 / WRfactor Rwork: 0.214 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.796 / SU B: 13.182 / SU ML: 0.277 / SU R Cruickshank DPI: 1.029 / SU Rfree: 0.377 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.029 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.43 Å2 / Biso mean: 48.71 Å2 / Biso min: 18.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
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