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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jrq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of (+)-ABA-bound PYL1 in complex with ABI1 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/Hormone Receptor / Plant Hormone Receptor / Abscisic acid (アブシシン酸) / PYL1 / ABI1 / type 2C protein phosphatase / Abscisic acid signaling pathway / Cell membrane (細胞膜) / Hydrolase (加水分解酵素) / Magnesium (マグネシウム) / Manganese (マンガン) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Protein phosphatase (プロテインホスファターゼ) / HYDROLASE-Hormone Receptor COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / regulation of protein serine/threonine phosphatase activity / protein phosphatase inhibitor complex / regulation of stomatal movement / response to abscisic acid / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / 色素体 / protein phosphatase inhibitor activity ...regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / regulation of protein serine/threonine phosphatase activity / protein phosphatase inhibitor complex / regulation of stomatal movement / response to abscisic acid / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / 色素体 / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / response to cold / protein dephosphorylation / defense response / kinase binding / signaling receptor activity / response to heat / protein kinase binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Miyazono, K. / Miyakawa, T. / Sawano, Y. / Kubota, K. / Tanokura, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2009 タイトル: Structural basis of abscisic acid signalling 著者: Miyazono, K. / Miyakawa, T. / Sawano, Y. / Kubota, K. / Kang, H.J. / Asano, A. / Miyauchi, Y. / Takahashi, M. / Zhi, Y. / Fujita, Y. / Yoshida, T. / Kodaira, K. / Yamaguchi-Shinozaki, K. / Tanokura, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jrq.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jrq.ent.gz | 78.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jrq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/3jrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/3jrq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35875.992 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 125-429 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ABI1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P49597, protein-serine/threonine phosphatase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 21446.926 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-210 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VZS8 |
#3: 化合物 | ChemComp-A8S / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 21% PEG3000, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 26472 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 45.868 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10.88 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1A6Q and 3JRS 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.402 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.84 Å2 / Biso mean: 30.132 Å2 / Biso min: 8.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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