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登録情報
データベース: PDB / ID: 3jbm
タイトルElectron cryo-microscopy of a virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
要素virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
キーワードVIRUS (ウイルス) / virus-like particle (ウイルス様粒子) / orange-spotted grouper nervous necrosis virus / betanodavirus
機能・相同性Nodavirus capsid / nodavirus capsid protein / Viral coat protein subunit / Virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
機能・相同性情報
生物種Orange-spotted grouper nervous necrosis virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Xie, J. / Li, K. / Gao, Y. / Huang, R. / Lai, Y. / Shi, Y. / Yang, S. / Zhu, G. / Zhang, Q. / He, J.
引用ジャーナル: Vet Res / 年: 2016
タイトル: Structural analysis and insertion study reveal the ideal sites for surface displaying foreign peptides on a betanodavirus-like particle.
著者: Junfeng Xie / Kunpeng Li / Yuanzhu Gao / Runqing Huang / Yuxiong Lai / Yan Shi / Shaowei Yang / Guohua Zhu / Qinfen Zhang / Jianguo He /
要旨: Betanodavirus infection causes fatal disease of viral nervous necrosis in many cultured marine and freshwater fish worldwide and the virus-like particles (VLP) are effective vaccines against ...Betanodavirus infection causes fatal disease of viral nervous necrosis in many cultured marine and freshwater fish worldwide and the virus-like particles (VLP) are effective vaccines against betanodavirus. But vaccine and viral vector designs of betanodavirus VLP based on their structures remain lacking. Here, the three-dimensional structure of orange-spotted grouper nervous necrosis virus (OGNNV) VLP (RBS) at 3.9 Å reveals the organization of capsid proteins (CP). Based on the structural results, seven putative important sites were selected to genetically insert a 6× histidine (His)-tag for VLP formation screen, resulting in four His-tagged VLP (HV) at positions N-terminus, Ala220, Pro292 and C-terminus. The His-tags of N-terminal HV (NHV) were concealed inside virions while those of 220HV and C-terminal HV (CHV) were displayed at the outer surface. NHV, 220HV and CHV maintained the same cell entry ability as RBS in the Asian sea bass (SB) cell line, indicating that their similar surface structures can be recognized by the cellular entry receptor(s). For application of vaccine design, chromatography-purified CHV could provoke NNV-specific antibody responses as strong as those of RBS in a sea bass immunization assay. Furthermore, in carrying capacity assays, N-terminus and Ala220 can only carry short peptides and C-terminus can even accommodate large protein such as GFP to generate fluorescent VLP (CGV). For application of a viral vector, CGV could be real-time visualized to enter SB cells in invasion study. All the results confirmed that the C-terminus of CP is a suitable site to accommodate foreign peptides for vaccine design and viral vector development.
履歴
登録2015年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Other
改定 1.22017年2月22日Group: Database references
改定 1.32019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / em_image_scans ...database_2 / em_image_scans / em_software / em_virus_natural_host / entity_src_gen
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改定 1.42019年12月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.52024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
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構造の表示

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  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
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集合体

登録構造単位
A: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
B: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
C: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3083
ポリマ－111,3083
非ポリマー00
水0
1
A: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
B: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
C: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,678,489180
ポリマ－6,678,489180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
B: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
C: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 557 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)556,54115
ポリマ－556,54115
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
B: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
C: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 668 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)667,84918
ポリマ－667,84918
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
B: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
C: virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 6.68 MDa, 180 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,678,489180
ポリマ－6,678,489180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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54generate(-0.05851838, -0.69287905, 0.71867533), (-0.69287904, -0.49007887, -0.52890579), (0.71867533, -0.52890579, -0.45140274)230.34317, 607.5158, 283.95451
55generate(-0.67522002, -0.15766831, 0.72056827), (-0.68154886, 0.50694221, -0.5277317), (-0.28207991, -0.84743748, -0.44975618)248.32391, 381.69524, 578.97824
56generate(0.43946138, -0.8520024, -0.28454455), (-0.53107238, 0.00904059, -0.84727823), (0.72445553, 0.52345981, -0.44850197)380.15787, 531.27347, 46.60871
57generate(-0.67522001, -0.68154886, -0.28207991), (-0.1576683, 0.50694221, -0.8474375), (0.72056827, -0.52773169, -0.44975619)591.13536, 336.30325, 282.89739
58generate(-0.8575622, 0.43125099, -0.28037415), (0.43125099, 0.30567457, -0.84887316), (-0.28037414, -0.84887315, -0.44811238)382.67482, 249.74407, 578.54742
59generate(0.14442553, 0.94854559, -0.28178457), (0.42181906, -0.31661729, -0.84960119), (-0.89510331, 0.00384201, -0.44584223)42.86163, 391.21778, 524.98051
60generate(0.94603019, 0.15545137, -0.28436202), (-0.17292949, -0.49994718, -0.84861546), (-0.27408442, 0.85199042, -0.44608301)41.30606, 565.21252, 196.22431

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要素

#1: タンパク質 virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 37102.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orange-spotted grouper nervous necrosis virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L1QJU5*PLUS
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Orange-spotted grouper nervous necrosis virus / タイプ: VIRUS / 由来: NATURAL
分子量値: 6.8 MDa / 実験値: NO
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Orange-spotted grouper nervous necrosis virus
緩衝液名称: PBS buffer / pH: 8 / 詳細: PBS buffer
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 300 mesh Quantifoil copper grid with thin carbon support, glow discharged in air atmosphere
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 100 K / 湿度: 100 % / 手法: blot for 5 min before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年2月26日 / 詳細: Weak beam illumination
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2910 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200000 times magnification
カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度: 100 K / 最高温度: 105 K / 最低温度: 95 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN３次元再構成
2jspr３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: Cross-common lines / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 / 粒子像の数: 32000 / ピクセルサイズ（実測値）: 0.933 Å
詳細: (Single particle details: The particles were selected manually.) (Single particle--Applied symmetry: I)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築手法: Local refinement / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4NWW

4nww


Accession code: 4NWW / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数526 0 0 0 526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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