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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j9w | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Bacillus subtilis MifM-stalled ribosome complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / stalling / translation arrest / mifm / L22 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of rRNA processing / 核様体 / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit ...positive regulation of rRNA processing / 核様体 / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / membrane => GO:0016020 / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sohmen, D. / Chiba, S. / Shimokawa-Chiba, N. / Innis, C.A. / Berninghausen, O. / Beckmann, R. / Ito, K. / Wilson, D.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Structure of the Bacillus subtilis 70S ribosome reveals the basis for species-specific stalling. 著者: Daniel Sohmen / Shinobu Chiba / Naomi Shimokawa-Chiba / C Axel Innis / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Koreaki Ito / Daniel N Wilson / 要旨: Ribosomal stalling is used to regulate gene expression and can occur in a species-specific manner. Stalling during translation of the MifM leader peptide regulates expression of the downstream ...Ribosomal stalling is used to regulate gene expression and can occur in a species-specific manner. Stalling during translation of the MifM leader peptide regulates expression of the downstream membrane protein biogenesis factor YidC2 (YqjG) in Bacillus subtilis, but not in Escherichia coli. In the absence of structures of Gram-positive bacterial ribosomes, a molecular basis for species-specific stalling has remained unclear. Here we present the structure of a Gram-positive B. subtilis MifM-stalled 70S ribosome at 3.5-3.9 Å, revealing a network of interactions between MifM and the ribosomal tunnel, which stabilize a non-productive conformation of the PTC that prevents aminoacyl-tRNA accommodation and thereby induces translational arrest. Complementary genetic analyses identify a single amino acid within ribosomal protein L22 that dictates the species specificity of the stalling event. Such insights expand our understanding of how the synergism between the ribosome and the nascent chain is utilized to modulate the translatome in a species-specific manner. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j9w.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j9w.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 3j9w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/3j9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/3j9w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 AAAXAYBABB
#1: RNA鎖 | 分子量: 503698.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
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#21: RNA鎖 | 分子量: 24815.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
#22: RNA鎖 | 分子量: 6204.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
#33: RNA鎖 | 分子量: 949606.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
#34: RNA鎖 | 分子量: 38423.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASAT
#2: タンパク質 | 分子量: 28009.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21464 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 24364.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21465 |
#4: タンパク質 | 分子量: 22874.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21466 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17650.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21467 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11140.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21468 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17915.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21469 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14901.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P12879 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14335.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21470 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11687.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21471 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13952.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P04969 |
#12: タンパク質 | 分子量: 15248.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21472 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13818.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P20282 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7263.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P12878 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10597.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21473 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10153.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21474 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10220.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P12874 |
#18: タンパク質 | 分子量: 8990.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21475 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10607.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21476 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9622.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P21477 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 AZ
#23: タンパク質 | 分子量: 11156.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: Q7WY64 |
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+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 B0B1B2B3B4B5B6B7B8BDBEBFBGBHBJBKBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBZ
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 2 nm pre-coated Quantifoil R3/3 holey carbon support grids | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年4月12日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 125085 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 28 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SPIDER / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: defocus groups | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 305045 / ピクセルサイズ(公称値): 1.108 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.108 Å 詳細: Since images from microscopy were processed in the absence of spatial frequencies higher than 8 A, a FSC cut-off value of 0.143 was used for average resolution determination of 3.9 A (Scheres ...詳細: Since images from microscopy were processed in the absence of spatial frequencies higher than 8 A, a FSC cut-off value of 0.143 was used for average resolution determination of 3.9 A (Scheres and Chen, 2012). (Single particle--Applied symmetry: C1) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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