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- PDB-3j95: Structure of ADP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor determin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j95
タイトルStructure of ADP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor determined by single particle cryoelectron microscopy
要素Vesicle-fusing ATPase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ATPases associated with diverse cellular activities
機能・相同性
機能・相同性情報


SNARE complex disassembly / ATP-dependent protein disaggregase activity / vesicle-fusing ATPase / syntaxin-1 binding / positive regulation of receptor recycling / ionotropic glutamate receptor binding / SNARE binding / PDZ domain binding / intracellular protein transport / potassium ion transport ...SNARE complex disassembly / ATP-dependent protein disaggregase activity / vesicle-fusing ATPase / syntaxin-1 binding / positive regulation of receptor recycling / ionotropic glutamate receptor binding / SNARE binding / PDZ domain binding / intracellular protein transport / potassium ion transport / positive regulation of protein catabolic process / midbody / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ゴルジ体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Vesicle-fusing ATPase / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain ...Vesicle-fusing ATPase / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Vesicle-fusing ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Zhao, M. / Wu, S. / Cheng, Y. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Mechanistic insights into the recycling machine of the SNARE complex.
著者: Minglei Zhao / Shenping Wu / Qiangjun Zhou / Sandro Vivona / Daniel J Cipriano / Yifan Cheng / Axel T Brunger /
要旨: Evolutionarily conserved SNARE (soluble N-ethylmaleimide sensitive factor attachment protein receptors) proteins form a complex that drives membrane fusion in eukaryotes. The ATPase NSF (N- ...Evolutionarily conserved SNARE (soluble N-ethylmaleimide sensitive factor attachment protein receptors) proteins form a complex that drives membrane fusion in eukaryotes. The ATPase NSF (N-ethylmaleimide sensitive factor), together with SNAPs (soluble NSF attachment protein), disassembles the SNARE complex into its protein components, making individual SNAREs available for subsequent rounds of fusion. Here we report structures of ATP- and ADP-bound NSF, and the NSF/SNAP/SNARE (20S) supercomplex determined by single-particle electron cryomicroscopy at near-atomic to sub-nanometre resolution without imposing symmetry. Large, potentially force-generating, conformational differences exist between ATP- and ADP-bound NSF. The 20S supercomplex exhibits broken symmetry, transitioning from six-fold symmetry of the NSF ATPase domains to pseudo four-fold symmetry of the SNARE complex. SNAPs interact with the SNARE complex with an opposite structural twist, suggesting an unwinding mechanism. The interfaces between NSF, SNAPs, and SNAREs exhibit characteristic electrostatic patterns, suggesting how one NSF/SNAP species can act on many different SNARE complexes.
履歴
登録2014年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6205
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vesicle-fusing ATPase
B: Vesicle-fusing ATPase
C: Vesicle-fusing ATPase
D: Vesicle-fusing ATPase
E: Vesicle-fusing ATPase
F: Vesicle-fusing ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)499,15310
ポリマ－497,4456
非ポリマー1,7094
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Vesicle-fusing ATPase / / N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein / NEM-sensitive fusion protein / Vesicular-fusion protein ...N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein / NEM-sensitive fusion protein / Vesicular-fusion protein NSF / N-ethylmaleimide sensitive factor


分子量: 82907.430 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: NSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18708, vesicle-fusing ATPase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ADP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor / タイプ: COMPLEX / 詳細: hexamer
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM ATP, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40
pH: 8
詳細: 50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM ATP, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Holey carbon on top of 400 mesh copper grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
手法: Blot for 3.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2014年1月14日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 31000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1800 nm / Cs: 2.3 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER / 資料ホルダタイプ: unspecified
撮影電子線照射量: 44 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1PHENIXモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12830 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.4312 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.4312 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C1) / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-factor
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--D2 domain of NSF was from crystal structure 1NSF. D1 domain of NSF was from related entry EMD-6204.
原子モデル構築PDB-ID: 1NSF

1nsf


PDB chain-ID: A / Accession code: 1NSF / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 7.6→7.6 Å / SU ML: 1.3 / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 36.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 7212 5.04 %
Rwork0.2641 135781 -
obs0.2641 142993 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50 Å2 / Biso mean: 50 Å2 / Biso min: 50 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.601→311.194 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21015 0 108 0 21123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01121741
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.97629445
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0853513
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0083797
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.2947951
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
7.6014-7.68780.45272280.424544744702100
7.6878-7.77820.45972520.43149565208100
7.7782-7.87310.39212320.428142214453100
7.8731-7.97280.44532400.415447645004100
7.9728-8.07770.41392520.397442994551100
8.0777-8.18840.37992400.366748585098100
8.1884-8.30530.37172640.354343594623100
8.3053-8.42930.34932310.330945364767100
8.4293-8.56110.37251920.33647024894100
8.5611-8.70140.31992520.328143834635100
8.7014-8.85150.38222520.333545544806100
8.8515-9.01240.38072400.338346134853100
9.0124-9.18580.362760.335244674743100
9.1858-9.37330.34152280.314845124740100
9.3733-9.57710.3152640.286346014865100
9.5771-9.79990.30412390.273546754914100
9.7999-10.0450.27752400.26445044744100
10.045-10.31660.26732370.25154287452499
10.3166-10.62020.2782200.25654464468498
10.6202-10.9630.28422720.25444582485499
10.963-11.35490.27011970.25144429462699
11.3549-11.80950.28782330.24854500473399
11.8095-12.3470.26922140.24884502471699
12.347-12.9980.28172070.24674612481999
12.998-13.81230.29682850.26224475476099
13.8123-14.87880.33822360.28344468470499
14.8788-16.3760.33012600.30364547480799
16.376-18.74540.32682490.28484424467399
18.7454-23.6160.37092490.32834489473899
23.616-311.4550.12682310.17784524475599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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