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- PDB-3i40: Human insulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i40
タイトルHuman insulin
要素
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
キーワードHORMONE (ホルモン) / insulin (インスリン) / Carbohydrate metabolism (炭水化物代謝) / Cleavage on pair of basic residues / Diabetes mellitus (糖尿病) / Disease mutation / Disulfide bond (ジスルフィド) / Glucose metabolism (炭水化物代謝) / Secreted (分泌)
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by Insulin receptor / alpha-beta T cell activation / negative regulation of glycogen catabolic process / Insulin processing / IRS activation / Insulin receptor recycling / negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / nitric oxide-cGMP-mediated signaling pathway / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior ...Signaling by Insulin receptor / alpha-beta T cell activation / negative regulation of glycogen catabolic process / Insulin processing / IRS activation / Insulin receptor recycling / negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / nitric oxide-cGMP-mediated signaling pathway / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of cellular protein metabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / regulation of protein localization to plasma membrane / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Regulation of insulin secretion / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / Signal attenuation / negative regulation of protein secretion / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of lipid catabolic process / fatty acid homeostasis / 小胞 / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / endosome lumen / neuron projection maintenance / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of cell differentiation / regulation of transmembrane transporter activity / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of brown fat cell differentiation / regulation of synaptic plasticity / 認識 / positive regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of protein localization / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glucose import / hormone activity / negative regulation of proteolysis / negative regulation of protein catabolic process / insulin receptor binding / positive regulation of protein localization to nucleus / 血管拡張薬 / insulin receptor signaling pathway / Golgi lumen / glucose metabolic process / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cell-cell signaling / glucose homeostasis / wound healing / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of protein kinase B signaling / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / ゴルジ体 / Amyloid fiber formation / 小胞体 / regulation of transcription, DNA-templated / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin family signature. / Insulin, conserved site / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Timofeev, V.I. / Bezuglov, V.V. / Miroshnikov, K.A. / Chuprov-Netochin, R.N. / Kuranova, I.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / : 2010
タイトル: X-ray investigation of gene-engineered human insulin crystallized from a solution containing polysialic acid.
著者: Timofeev, V.I. / Chuprov-Netochin, R.N. / Samigina, V.R. / Bezuglov, V.V. / Miroshnikov, K.A. / Kuranova, I.P.
履歴
登録2009年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月16日Group: Refinement description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7882
ポリマ-5,7882
非ポリマー00
63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3380 Å2
手法PISA
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)77.220, 77.220, 77.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin A chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド Insulin B chain


分子量: 3403.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01308
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
配列の詳細THE CONFLICT OF THE SEQUENCE MAY DUE TO ARTIFACT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.85→54.636 Å / Num. all: 6703 / Num. obs: 6677 / Biso Wilson estimate: 24.04 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G4M
解像度: 1.85→31.525 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.81 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 24.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 316 4.76 %
Rwork0.2003 --
obs0.2016 6640 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.049 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 79.46 Å2 / Biso mean: 30.297 Å2 / Biso min: 13.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→31.525 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数403 0 0 35 438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.205141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8501-2.33090.26271620.23013105X-RAY DIFFRACTION99
2.3309-31.52950.21451540.1913219X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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