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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i3s | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of H-Ras with Thr50 replaced by Isoleucine | ||||||
要素 | GTPase HRasHRAS | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / GTPases / H-Ras / Noonan Syndrome / Cell membrane (細胞膜) / Disease mutation / Golgi apparatus (ゴルジ体) / GTP-binding / Lipoprotein (リポタンパク質) / Membrane (生体膜) / Methylation (メチル化) / Nucleotide-binding / Palmitate (パルミチン酸) / Prenylation (プレニル化) / Proto-oncogene (がん遺伝子) / S-nitrosylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of miRNA metabolic process / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants ...GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of miRNA metabolic process / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / positive regulation of protein targeting to membrane / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / adipose tissue development / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / positive regulation of phospholipase C activity / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Schwann cell development / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / EPHB-mediated forward signaling / SHC1 events in EGFR signaling / 髄鞘 / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / intrinsic apoptotic signaling pathway / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / animal organ morphogenesis / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / cellular response to gamma radiation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / positive regulation of MAP kinase activity / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / positive regulation of GTPase activity / エンドサイトーシス / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / RAS processing / GDP binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 走化性 / positive regulation of fibroblast proliferation / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / 細胞老化 / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of type II interferon production / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / DAP12 signaling 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å | ||||||
データ登録者 | Gremer, L. / Dvorsky, R. / Merbitz-Zahradnik, T. / Wittinghofer, A. / Ahmadian, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Genet. / 年: 2010 タイトル: A restricted spectrum of NRAS mutations causes Noonan syndrome. 著者: Cirstea, I.C. / Kutsche, K. / Dvorsky, R. / Gremer, L. / Carta, C. / Horn, D. / Roberts, A.E. / Lepri, F. / Merbitz-Zahradnik, T. / Konig, R. / Kratz, C.P. / Pantaleoni, F. / Dentici, M.L. / ...著者: Cirstea, I.C. / Kutsche, K. / Dvorsky, R. / Gremer, L. / Carta, C. / Horn, D. / Roberts, A.E. / Lepri, F. / Merbitz-Zahradnik, T. / Konig, R. / Kratz, C.P. / Pantaleoni, F. / Dentici, M.L. / Joshi, V.A. / Kucherlapati, R.S. / Mazzanti, L. / Mundlos, S. / Patton, M.A. / Silengo, M.C. / Rossi, C. / Zampino, G. / Digilio, C. / Stuppia, L. / Seemanova, E. / Pennacchio, L.A. / Gelb, B.D. / Dallapiccola, B. / Wittinghofer, A. / Ahmadian, M.R. / Tartaglia, M. / Zenker, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3i3s.cif.gz | 96.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3i3s.ent.gz | 73.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3i3s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/3i3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/3i3s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5p21S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 6||||||||||||||||||
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18887.246 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-166 / 変異: T50I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GNP / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 17% PEG 6000, 200 mM CaCl2, pH 7.5, hanging drop, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9998 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.36→99 Å / Num. all: 44436 / Num. obs: 44357 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.869 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 25.36 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5P21 解像度: 1.36→30.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.375 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 42.05 Å2 / Biso mean: 18.969 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.36→30.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.36→1.395 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -2.7361 Å / Origin y: -21.1472 Å / Origin z: -31.657 Å
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精密化 TLSグループ |
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