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- PDB-3hyc: Crystal structure of E. coli phosphatase YrbI, with Mg, tetragona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hyc
タイトルCrystal structure of E. coli phosphatase YrbI, with Mg, tetragonal form
要素3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / YrbI / KdsC / phosphatase (ホスファターゼ) / Lipopolysaccharide biosynthesis / Magnesium (マグネシウム)
機能・相同性
機能・相同性情報


3-デオキシマンノオクツロソン酸-8-ホスファターゼ / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Tsodikov, O.V. / Biswas, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Tail of KdsC: CONFORMATIONAL CHANGES CONTROL THE ACTIVITY OF A HALOACID DEHALOGENASE SUPERFAMILY PHOSPHATASE.
著者: Biswas, T. / Yi, L. / Aggarwal, P. / Wu, J. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,66121
ポリマ－160,2898
非ポリマー37213
水0
1
E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,34811
ポリマ－80,1444
非ポリマー2047
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9840 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area25010 Å2
手法PISA
2
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,31310
ポリマ－80,1444
非ポリマー1686
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9380 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22510 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area47010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.219, 122.219, 202.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase / KDO 8-P phosphatase


分子量: 20036.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / 遺伝子: YrbI
参照: UniProt: P67653, 3-デオキシマンノオクツロソン酸-8-ホスファターゼ
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Bis-Tris propane pH 6.0, 100 mM NaCl, 13.5 % PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→48.08 Å / Num. obs: 29776

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0072 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R8E

2r8e


解像度: 3.06→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 44.21 / SU ML: 0.358 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.5 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1485 5.1 %RANDOM
Rwork0.24164 ---
obs0.24239 27820 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.555 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å20 Å20 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3---2.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10784 0 13 0 10797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02210912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.981.99414795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.75751428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63124.691437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53151908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1731572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0218036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.041.57084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.084211313
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.18433828
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.3264.53482
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.06→3.135 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 87 -
Rwork0.306 2006 -
obs--97.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3336-0.04280.3290.6259-0.35353.35190.0672-0.35210.00140.18260.04690.3056-0.0874-0.2432-0.11410.10950.00330.06590.06880.01230.161327.897622.3229-24.9994
22.1563-0.8090.01273.7459-0.86942.23870.1269-0.28970.48170.3059-0.0825-0.1989-0.45090.2163-0.04440.1326-0.04930.01070.0916-0.09440.139349.678742.4791-27.1002
32.15720.0739-1.21862.8035-1.28932.88270.0364-0.0120.0617-0.03740.012-0.2868-0.00390.3054-0.04840.02420.0056-0.00940.0583-0.03180.052862.933326.4015-50.068
43.00540.12780.95922.3455-0.24363.67150.0330.0861-0.4147-0.1249-0.03110.19390.4107-0.1311-0.00190.1207-0.0011-0.0220.0142-0.02790.09241.01426.1466-47.7576
51.37750.47360.38581.6404-1.22134.0347-0.01920.08870.1665-0.09290.04640.632-0.1804-0.8716-0.02720.09820.0296-0.14370.3801-0.02870.44427.902132.7415-55.4193
63.2632-0.54670.38642.9657-0.8542.4599-0.04750.83140.023-0.75830.08310.23060.1789-0.0691-0.03560.3663-0.0456-0.15520.3308-0.00910.075628.937827.5112-76.3837
74.8627-1.0536-0.09333.434-1.09140.76820.05180.62720.7005-0.4642-0.0919-0.1765-0.19840.03160.04010.4114-0.0127-0.03020.1930.0990.276943.408553.0988-68.7243
82.2057-0.39760.29482.2679-0.44832.33140.0833-0.04010.46960.136-0.00590.2937-0.2316-0.3765-0.07740.17740.0788-0.07440.1135-0.06120.438522.320658.3886-47.7816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 183
5X-RAY DIFFRACTION5E8 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7G8 - 188
8X-RAY DIFFRACTION8H8 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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