PDB-3hu1: Structure of p97 N-D1 R95G mutant in complex with ATPgS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hu1

タイトル

Structure of p97 N-D1 R95G mutant in complex with ATPgS

要素

Transitional endoplasmic reticulum ATPase

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / p97 / VCP

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / protein-DNA covalent cross-linking repair / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / BAT3 complex binding / Derlin-1 retrotranslocation complex ...positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / protein-DNA covalent cross-linking repair / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / BAT3 complex binding / Derlin-1 retrotranslocation complex / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / deubiquitinase activator activity / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex /

aggresome assembly / regulation of protein localization to chromatin / NADH metabolic process /

vesicle-fusing ATPase / cellular response to misfolded protein /

: / stress granule disassembly / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein localization to chromatin / ERAD pathway / ubiquitin-modified protein reader activity / retrograde protein transport, ER to cytosol /

regulation of aerobic respiration /

ATPase complex / regulation of synapse organization / ubiquitin-specific protease binding / positive regulation of ATP biosynthetic process / ubiquitin-like protein ligase binding / autophagosome maturation / RHOH GTPase cycle / polyubiquitin modification-dependent protein binding / HSF1 activation /

DNA修復 / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / MHC class I protein binding /

Protein methylation / negative regulation of smoothened signaling pathway / interstrand cross-link repair / Attachment and Entry / : / ATP metabolic process / endoplasmic reticulum unfolded protein response /

proteasome complex /

lipid droplet / viral genome replication / Josephin domain DUBs / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle /

ADP binding / proteasomal protein catabolic process / Hh mutants are degraded by ERAD / positive regulation of protein-containing complex assembly / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Hedgehog ligand biogenesis /

オートファジー / Translesion Synthesis by POLH / ABC-family proteins mediated transport / establishment of protein localization /

オートファジー / Aggrephagy / cytoplasmic stress granule / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / azurophil granule lumen / double-strand break repair / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / site of double-strand break / cellular response to heat /

Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process /

protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Attachment and Entry / protein ubiquitination / protein domain specific binding /

DNA修復 / intracellular membrane-bounded organelle /

lipid binding / glutamatergic synapse / DNA damage response /

ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm /

小胞体 /

ATP hydrolysis activity / protein-containing complex /

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Tang, W.-K.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: A novel ATP-dependent conformation in p97 N-D1 fragment revealed by crystal structures of disease-related mutants.
著者: Tang, W.K. / Li, D. / Li, C.C. / Esser, L. / Dai, R. / Guo, L. / Xia, D.

履歴

登録	2009年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hu1.cif.gz	515.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hu1.ent.gz	423.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hu1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/3hu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/3hu1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	4kln-d 3hu2-d 3hu3-1 4ko8-1 10739 10742 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

B: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

C: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

D: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

E: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

F: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

ヘテロ分子

330 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.756, 103.279, 107.688
Angle α, β, γ (deg.)	97.66, 91.88, 89.75
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	ILE	ILE	A	A	12 - 189	12 - 189
2	1	1	LEU	LEU	ILE	ILE	B	B	12 - 189	12 - 189
3	1	1	LEU	LEU	ILE	ILE	C	C	12 - 189	12 - 189
4	1	1	LEU	LEU	ILE	ILE	D	D	12 - 189	12 - 189
5	1	1	LEU	LEU	ILE	ILE	E	E	12 - 189	12 - 189
6	1	1	LEU	LEU	ILE	ILE	F	F	12 - 189	12 - 189
1	1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	A	A	190 - 201	190 - 201
2	1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	B	B	190 - 201	190 - 201
3	1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	C	C	190 - 201	190 - 201
4	1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	D	D	190 - 201	190 - 201
5	1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	E	E	190 - 201	190 - 201
6	1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	F	F	190 - 201	190 - 201
1	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	A	A	202 - 371	202 - 371
2	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	B	B	202 - 371	202 - 371
3	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	C	C	202 - 371	202 - 371
4	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	D	D	202 - 371	202 - 371
5	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	E	E	202 - 371	202 - 371
6	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	F	F	202 - 371	202 - 371
1	1	4	PRO	PRO	THR	THR	A	A	372 - 403	372 - 403
2	1	4	PRO	PRO	THR	THR	B	B	372 - 403	372 - 403
3	1	4	PRO	PRO	THR	THR	C	C	372 - 403	372 - 403
4	1	4	PRO	PRO	THR	THR	D	D	372 - 403	372 - 403
5	1	4	PRO	PRO	THR	THR	E	E	372 - 403	372 - 403
6	1	4	PRO	PRO	THR	THR	F	F	372 - 403	372 - 403
1	2	4	GLY	GLY	SER	SER	A	A	405 - 462	405 - 462
2	2	4	GLY	GLY	SER	SER	B	B	405 - 462	405 - 462
3	2	4	GLY	GLY	SER	SER	C	C	405 - 462	405 - 462
4	2	4	GLY	GLY	SER	SER	D	D	405 - 462	405 - 462
5	2	4	GLY	GLY	SER	SER	E	E	405 - 462	405 - 462
6	2	4	GLY	GLY	SER	SER	F	F	405 - 462	405 - 462
1	1	5	AGS	AGS	MG	MG	A	G - H	800 - 801
2	1	5	AGS	AGS	MG	MG	B	I - J	800 - 801
3	1	5	AGS	AGS	MG	MG	C	K - L	800 - 801
4	1	5	AGS	AGS	MG	MG	D	M - N	800 - 801
5	1	5	AGS	AGS	MG	MG	E	O - P	800 - 801
6	1	5	AGS	AGS	MG	MG	F	Q - R	800 - 801

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Transitional endoplasmic reticulum ATPase / TER ATPase / 15S Mg(2+)-ATPase p97 subunit / Valosin-containing protein / VCP 分子量: 54481.172 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 1-481 / 変異: R95G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Humanヒト / 遺伝子: P97, VCP / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P55072
#2: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 100mM NaCl, 4% benzamidine, 100mM citrate, pH 5.8, 16.5% PEG3350 and 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→43.92 Å / Num. all: 151406 / Num. obs: 87240 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.81→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 37.79 / SU ML: 0.351 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27144	4323	5 %	RANDOM
R_work	0.23988	-	-	-
obs	0.24141	82809	90.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.976 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.72 Å²	0.74 Å²	1.17 Å²
2-	-	-0.23 Å²	-1.27 Å²
3-	-	-	-1.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.81→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21132	0	192	121	21445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	21654
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.997	29304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.027	5	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.368	24.303	990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.019	15	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.786	15	192
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	16158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.161	0.2	8450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.263	0.2	14524
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.187	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.228	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.306	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.472	1.5	14031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.698	2	21852
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.216	3	8545
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.785	4.5	7452
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1407	tight positional	0.08	0.05
1	2	B	1407	tight positional	0.09	0.05
1	3	C	1407	tight positional	0.08	0.05
1	4	D	1407	tight positional	0.07	0.05
1	5	E	1407	tight positional	0.07	0.05
1	6	F	1407	tight positional	0.07	0.05
2	1	A	102	tight positional	0.06	0.05
2	2	B	102	tight positional	0.07	0.05
2	3	C	102	tight positional	0.06	0.05
2	4	D	102	tight positional	0.06	0.05
2	5	E	102	tight positional	0.06	0.05
2	6	F	102	tight positional	0.05	0.05
3	1	A	1318	tight positional	0.08	0.05
3	2	B	1318	tight positional	0.08	0.05
3	3	C	1318	tight positional	0.08	0.05
3	4	D	1318	tight positional	0.08	0.05
3	5	E	1318	tight positional	0.08	0.05
3	6	F	1318	tight positional	0.08	0.05
4	1	A	685	tight positional	0.07	0.05
4	2	B	685	tight positional	0.07	0.05
4	3	C	685	tight positional	0.08	0.05
4	4	D	685	tight positional	0.07	0.05
4	5	E	685	tight positional	0.08	0.05
4	6	F	685	tight positional	0.08	0.05
5	1	A	32	tight positional	0.08	0.05
5	2	B	32	tight positional	0.07	0.05
5	3	C	32	tight positional	0.05	0.05
5	4	D	32	tight positional	0.07	0.05
5	5	E	32	tight positional	0.07	0.05
5	6	F	32	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	1407	tight thermal	0.14	0.5
1	2	B	1407	tight thermal	0.19	0.5
1	3	C	1407	tight thermal	0.15	0.5
1	4	D	1407	tight thermal	0.13	0.5
1	5	E	1407	tight thermal	0.13	0.5
1	6	F	1407	tight thermal	0.12	0.5
2	1	A	102	tight thermal	0.09	0.5
2	2	B	102	tight thermal	0.12	0.5
2	3	C	102	tight thermal	0.08	0.5
2	4	D	102	tight thermal	0.1	0.5
2	5	E	102	tight thermal	0.11	0.5
2	6	F	102	tight thermal	0.11	0.5
3	1	A	1318	tight thermal	0.19	0.5
3	2	B	1318	tight thermal	0.2	0.5
3	3	C	1318	tight thermal	0.2	0.5
3	4	D	1318	tight thermal	0.18	0.5
3	5	E	1318	tight thermal	0.2	0.5
3	6	F	1318	tight thermal	0.2	0.5
4	1	A	685	tight thermal	0.15	0.5
4	2	B	685	tight thermal	0.15	0.5
4	3	C	685	tight thermal	0.17	0.5
4	4	D	685	tight thermal	0.15	0.5
4	5	E	685	tight thermal	0.17	0.5
4	6	F	685	tight thermal	0.17	0.5
5	1	A	32	tight thermal	0.32	0.5
5	2	B	32	tight thermal	0.3	0.5
5	3	C	32	tight thermal	0.36	0.5
5	4	D	32	tight thermal	0.38	0.5
5	5	E	32	tight thermal	0.27	0.5
5	6	F	32	tight thermal	0.34	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.807→2.879 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.441	215	-
R_work	0.391	4381	-
obs	-	-	64.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3553	-0.1397	0.1029	5.9091	-1.23	7.568	0.1826	-0.3345	0.4616	0.3856	-0.0824	-0.1194	-0.6006	-0.3448	-0.1003	0.0114	0.122	0.1211	-0.005	0.0111	0.1512	1.6946	81.0153	0.9596
2	9.5422	0.0567	0.2537	10.1729	3.3153	14.9974	-0.3047	0.4606	0.3229	-0.2391	0.1376	0.0282	-0.6311	0.582	0.167	-0.2014	0.1328	0.1624	-0.1233	0.1902	0.161	11.7986	82.4567	-19.481
3	5.0113	-10.8834	22.6711	23.6365	-49.2368	102.564	-0.5443	-0.7276	-0.9579	0.341	1.601	-0.6255	1.9348	-2.8817	-1.0567	0.3753	0.0946	0.0185	0.2361	0.2177	0.5262	6.3514	64.3602	-16.2402
4	3.9747	0.2793	0.1378	3.7253	0.6718	4.1161	0.0105	0.0526	0.0388	0.2238	0.0453	-0.2508	0.0475	0.231	-0.0558	-0.2011	0.0492	-0.0081	-0.2397	0.0399	-0.2038	19.5947	50.3287	3.2704
5	4.9107	-0.3904	2.2046	3.9983	1.2718	11.765	-0.0002	-0.0326	0.1733	-0.3962	-0.0321	0.4228	-0.2558	-0.9956	0.0323	-0.2168	0.0464	0.0204	0.1562	-0.0166	0.0911	-11.5923	50.1372	-13.0964
6	3.0798	-1.0619	-3.3315	4.088	-1.6648	8.125	0.0813	0.1797	0.0676	0.1132	0.0514	0.7512	-0.3168	-1.1682	-0.1327	-0.2955	0.003	-0.1278	0.2264	0.0191	0.0219	-10.377	49.4502	-52.7088
7	9.0481	-4.0592	-1.4749	12.7749	2.2601	7.3845	0.2202	-0.0079	-0.0646	-0.8429	-0.0536	-0.5376	-0.2103	0.1296	-0.1667	-0.3267	-0.0826	-0.0597	-0.0101	0.037	-0.2587	9.7795	49.0866	-63.3744
8	20.0382	-1.8589	-35.2478	1.6468	5.4112	65.112	-2.2194	0.1335	-1.1028	0.8095	-0.3634	-0.1591	2.49	-0.8606	2.5829	0.3887	0.0449	-0.0844	0.2566	0.1133	0.0762	8.7755	34.386	-50.6342
9	4.1213	-0.3438	0.2103	4.5377	0.427	2.8783	-0.1797	-0.1891	0.1536	0.3592	0.2599	-0.1077	-0.2041	-0.1067	-0.0802	-0.1873	0.0351	-0.0053	-0.1534	0.0453	-0.276	8.5005	40.2162	-23.7555
10	4.4882	-2.5125	-1.6647	5.7522	3.3935	5.8845	0.1989	0.6295	-0.3258	-0.1466	-0.4723	0.3661	0.4433	-0.6568	0.2734	-0.0952	-0.1122	-0.1006	0.0905	-0.033	0.1534	-2.644	14.4689	-45.017
11	8.5225	-1.0353	0.1684	2.8181	0.6245	7.0538	0.321	0.4727	-0.1289	-0.5213	-0.0913	0.1734	-0.4034	-0.6292	-0.2297	0.227	-0.093	0.0408	-0.1899	-0.0369	-0.0313	24.8443	-1.7526	-68.3275
12	5.8106	0.3979	3.0512	8.7438	-0.7589	11.3964	-0.0588	0.3953	0.0551	0.169	-0.0371	-0.7035	-0.3389	1.0333	0.0959	0.2054	-0.3238	0.1934	-0.0833	-0.1365	0.167	46.3059	5.8723	-66.5633
13	73.5237	-20.6527	-14.3442	5.8013	4.0293	2.7985	-0.6331	0.0553	-4.2835	0.4353	0.2352	0.114	-1.5753	-0.5667	0.3979	0.5068	-0.0213	0.1684	0.3822	-0.0475	0.4546	40.1628	-0.3725	-49.1468
14	3.1259	-0.0498	0.6378	4.9172	-0.4395	4.3214	-0.14	0.0013	0.2131	-0.0258	0.0843	-0.0293	-0.3299	-0.2609	0.0558	-0.2222	0.0295	0.0108	-0.2267	-0.0046	-0.2225	20.9338	15.4108	-37.3322
15	11.0613	-2.3178	0.5974	5.1114	-0.5103	4.2644	-0.1099	0.2582	-0.922	0.1621	0.0841	-0.0741	0.5418	0.5337	0.0258	0.0221	-0.0605	-0.0141	-0.1691	-0.0419	-0.0569	32.6647	-17.7373	-35.8083
16	10.125	0.3156	0.9723	3.4627	1.5258	5.4025	0.263	1.0998	-1.0218	-0.2157	-0.1327	-0.3618	0.553	0.4027	-0.1303	0.1212	0.2364	-0.0357	0.1095	0.0077	0.2972	71.2247	-22.3686	-28.925
17	8.3821	-0.953	0.8146	10.8025	4.0717	8.2337	-0.1932	1.3419	1.0692	-0.3506	0.1135	-1.1104	-1.2438	1.5782	0.0797	0.2823	-0.1349	0.0539	0.4491	0.4131	0.7253	84.272	-3.8387	-26.2952
18	27.6538	12.4258	14.9881	5.5834	6.7347	8.1234	1.0291	-0.5287	0.7016	1.0272	-0.6168	0.0148	-0.896	-1.8278	-0.4123	0.272	0.1376	0.0271	0.6473	0.0605	0.6461	69.4652	-3.4032	-13.5461
19	2.4711	0.2046	-0.2158	3.2185	-0.3779	5.1739	-0.0388	0.2657	-0.0194	-0.178	-0.0787	0.1078	-0.1202	-0.0934	0.1175	-0.2409	0.0659	-0.0533	-0.1768	-0.0387	-0.0977	44.3655	0.4429	-23.6456
20	8.1022	0.7528	3.3249	3.6166	1.2797	6.6351	0.1882	-0.5848	-0.1613	0.3824	-0.0437	-0.2507	0.5934	0.2897	-0.1445	0.1317	0.1006	-0.0196	-0.166	0.1077	0.0213	59.5082	-13.7898	4.6356
21	6.362	1.941	1.5538	5.472	1.9475	1.9951	-0.1452	0.2918	-0.952	0.521	0.4234	-1.0605	0.4399	0.634	-0.2782	0.0839	0.1056	-0.2308	0.3083	-0.0887	0.1532	83.2647	9.5872	26.3034
22	7.7104	-1.9111	0.5022	12.1331	2.5077	10.4314	-0.102	0.6873	0.4343	-0.3953	0.3339	-0.9472	-1.2034	0.7233	-0.232	0.2474	-0.3739	-0.1549	0.3681	0.0891	-0.0217	86.9487	31.2448	20.1092
23	11.3426	23.8028	8.3964	50.057	17.7542	6.3852	-1.1276	1.5544	1.6659	-0.6734	1.381	2.9565	-1.36	0.8724	-0.2534	0.33	-0.2658	-0.106	0.4743	0.0685	0.2823	67.8368	27.8527	21.5638
24	3.5899	-0.6112	-0.7339	3.7304	0.1786	5.0657	0.2086	0.4227	-0.2714	-0.3456	-0.1441	-0.0492	0.0729	0.0976	-0.0645	-0.2967	0.024	-0.045	-0.2304	-0.0086	-0.1859	55.5845	10.6406	3.366
25	4.0893	-1.1265	-1.0883	12.0111	3.1861	4.8732	-0.1657	-0.5487	0.5098	0.5878	0.0598	-0.2491	-0.0831	0.1605	0.1059	-0.1717	0.028	-0.0821	-0.073	0.0644	-0.1697	50.6214	22.1666	36.2659
26	1.3302	0.0956	0.7974	6.6574	-1.0081	3.8603	0.0594	-0.4256	0.0898	0.7929	0.3406	-1.0399	-0.4049	0.5523	-0.4	0.133	-0.0306	-0.0677	0.1055	-0.2593	0.2328	48.3247	61.225	41.4381
27	9.8449	-4.1019	0.846	6.0015	-2.1708	11.039	0.2004	0.4353	1.1155	-0.6607	-0.0834	-1.0986	-1.0178	0.4406	-0.117	0.648	-0.2768	0.4733	0.0575	-0.1445	0.4696	50.5632	75.2175	23.5343
28	0.4493	2.8962	-1.7534	18.6678	-11.3019	6.8424	0.1581	0.6299	-0.1408	-3.0369	1.38	-0.4903	0.1714	-1.2036	-1.5381	0.6967	-0.1425	0.0779	0.2365	-0.0075	0.4061	36.3811	62.1573	20.0722
29	5.1429	-0.2562	-0.1527	2.8386	-0.1143	3.6004	0.1475	0.1506	-0.073	-0.1615	-0.0474	-0.3704	0.1397	0.2303	-0.1001	-0.2634	-0.0074	-0.0247	-0.3101	-0.0187	-0.1562	43.1542	35.5787	16.8951
30	5.3107	-3.1884	0.2629	9.2259	-0.5135	4.8848	-0.1923	0.0275	0.2918	0.1212	0.2215	0.2017	-0.5857	-0.2955	-0.0292	-0.1706	-0.0144	0.0313	-0.1113	-0.0172	-0.1924	15.3388	54.3179	27.2446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 201
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	202 - 371
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	372 - 462
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	14 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	108 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	190 - 201
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	202 - 371
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	372 - 462
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	14 - 107
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	108 - 189
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	190 - 201
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	202 - 371
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	372 - 462
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	14 - 107
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	108 - 189
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	190 - 201
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	202 - 371
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	372 - 462
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	14 - 107
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	108 - 189
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	190 - 201
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	202 - 371
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	372 - 462
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	14 - 107
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	108 - 189
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	190 - 201
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	202 - 371
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	372 - 462

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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