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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hie | ||||||
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タイトル | Structure of the membrane-binding domain of the Sec3 subunit of the Exocyst complex | ||||||
要素 | Exocyst complex component SEC3Exocyst | ||||||
キーワード | EXOCYTOSIS (エキソサイトーシス) / PH domain / dimer / domain swapping / phosphate-binding / Coiled coil (コイルドコイル) / Phosphoprotein / Protein transport / Transport / LIPID BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exocyst assembly / exocyst localization / Insulin processing / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / vesicle docking involved in exocytosis ...exocyst assembly / exocyst localization / Insulin processing / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / vesicle docking involved in exocytosis / cellular bud neck / mating projection tip / エキソサイトーシス / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / small GTPase binding / protein transport / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Baek, K. / Dominguez, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structure-function study of the N-terminal domain of exocyst subunit Sec3. 著者: Baek, K. / Knodler, A. / Lee, S.H. / Zhang, X. / Orlando, K. / Zhang, J. / Foskett, T.J. / Guo, W. / Dominguez, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hie.cif.gz | 276.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hie.ent.gz | 232.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hie.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hie | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20083.654 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 71-241, Membrane-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: glutathione-S-transferase (GST) fusion 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SEC3, PSL1, YER008C / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33332 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: 0.1M Bicine, pH9.5, 14% PEG 5000 MME, 1mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 46605 / Num. obs: 43622 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 24.6 | |||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.52 / % possible all: 62.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→38.74 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 1.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.13 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→38.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection details: CHAIN D AND RESI 161:241 |