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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hde | ||||||
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タイトル | Crystal structure of full-length endolysin R21 from phage 21 | ||||||
要素 | Lysozymeリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / lysozyme-like (リゾチーム) / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase / Late protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage P21 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, Q. / Arockiasamy, A. / McKee, E. / Caronna, E. / Sacchettini, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Regulation of a muralytic enzyme by dynamic membrane topology. 著者: Sun, Q. / Kuty, G.F. / Arockiasamy, A. / Xu, M. / Young, R. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hde.cif.gz | 135.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hde.ent.gz | 111.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hde.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hde | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18039.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage P21 (ファージ) 遺伝子: R / プラスミド: pETR21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P27359, リゾチーム #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | ACCORDING TO THE AUTHORS RESIDUES PHE 105 AND VAL 106 ARE CORRECT IN THE PDB FILE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 150mM Sodium acetate, 2M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月29日 詳細: Si(111) Double Crystal Monochromator. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 53709 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.21 / Net I/σ(I): 45.0787 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 4.0351 / Num. unique all: 1937 / Χ2: 0.849 / % possible all: 98.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単一同系置換・異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95→43.41 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.771 / 立体化学のターゲット値: ml
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溶媒の処理 | Bsol: 61.62 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.73 Å2 / Biso mean: 40.995 Å2 / Biso min: 21.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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