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- PDB-3giz: Crystal structure of the Fab fragment of anti-CD20 antibody Ofatumumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3giz
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of anti-CD20 antibody Ofatumumab
要素
  • Fab fragment of anti-CD20 antibody Ofatumumab, heavy chain
  • Fab fragment of anti-CD20 antibody Ofatumumab, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / CD20 / 2F2 / Ofatumumab / Hu-MaxCD20 / Fab / antibody (抗体) / fully human antibody
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Du, J. / Yang, H. / Ding, J.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2009
タイトル: Structure of the Fab fragment of therapeutic antibody Ofatumumab provides insights into the recognition mechanism with CD20
著者: Du, J. / Yang, H. / Guo, Y. / Ding, J.
履歴
登録2009年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab fragment of anti-CD20 antibody Ofatumumab, light chain
H: Fab fragment of anti-CD20 antibody Ofatumumab, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0885
ポリマ－46,8922
非ポリマー1963
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.330, 55.944, 79.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-212-

ZN

21H-312-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab fragment of anti-CD20 antibody Ofatumumab, light chain


分子量: 23174.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): ovary (CHO) cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): K1
#2: 抗体 Fab fragment of anti-CD20 antibody Ofatumumab, heavy chain


分子量: 23717.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): ovary (CHO) cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): K1
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.2 M zinc acetate, 20% PEG3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 26208 / Num. obs: 26051 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2618 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U6A

1u6a


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 13.528 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24957 1288 5 %RANDOM
Rwork0.19477 ---
all0.19752 25899 --
obs0.19752 24611 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å2-0.17 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3261 0 3 221 3485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9534550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9775424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6524.074135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68215527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7961516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.22179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0530.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3150.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2940.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6961.52179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17523429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.56331352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3184.51121
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.14433531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.9563224
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.33733261
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 94 -
Rwork0.239 1792 -
obs-1792 99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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