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- PDB-3ei4: Structure of the hsDDB1-hsDDB2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ei4
タイトルStructure of the hsDDB1-hsDDB2 complex
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • DNA damage-binding protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / UV-damage / DDB / nucleotide excision repair (ヌクレオチド除去修復) / xeroderma pigmentosum (色素性乾皮症) / Disease mutation / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / DNA-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / WD repeat (WD40リピート)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex ...positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / site of DNA damage / cullin family protein binding / viral release from host cell / pyrimidine dimer repair / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of viral genome replication / protein autoubiquitination / response to UV / positive regulation of gluconeogenesis / proteasomal protein catabolic process / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / nucleotide-excision repair / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wntシグナル経路 / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / protein polyubiquitination / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / 細胞結合 / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / DNA修復 / apoptotic process / DNA damage response / クロマチン / protein-containing complex binding / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3280 / DNA damage-binding protein 2 / DNA polymerase; domain 1 - #910 / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...Helix Hairpins - #3280 / DNA damage-binding protein 2 / DNA polymerase; domain 1 - #910 / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage-binding protein 1 / DNA damage-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Scrima, A. / Pavletich, N.P. / Thoma, N.H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Structural basis of UV DNA-damage recognition by the DDB1-DDB2 complex.
著者: Scrima, A. / Konickova, R. / Czyzewski, B.K. / Kawasaki, Y. / Jeffrey, P.D. / Groisman, R. / Nakatani, Y. / Iwai, S. / Pavletich, N.P. / Thoma, N.H.
履歴
登録2008年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA damage-binding protein 1
B: DNA damage-binding protein 2
C: DNA damage-binding protein 1
D: DNA damage-binding protein 2
E: DNA damage-binding protein 1
F: DNA damage-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)534,9636
ポリマ－534,9636
非ポリマー00
水0
1
A: DNA damage-binding protein 1
B: DNA damage-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,3212
ポリマ－178,3212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area60250 Å2
手法PISA
2
C: DNA damage-binding protein 1
D: DNA damage-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,3212
ポリマ－178,3212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area60280 Å2
手法PISA
3
E: DNA damage-binding protein 1
F: DNA damage-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,3212
ポリマ－178,3212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area60330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)268.500, 268.500, 471.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
12A
22C
32E
13A
23C
33E
14A
24C
34E
15B
25D
35F
16B
26D
36F

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETPROPROAA1 - 1219 - 30
211METMETPROPROCC1 - 1219 - 30
311METMETPROPROEE1 - 1219 - 30
121LEULEUARGARGAA356 - 391374 - 409
221LEULEUARGARGCC356 - 391374 - 409
321LEULEUARGARGEE356 - 391374 - 409
131HISHISASPASPAA711 - 1099729 - 1117
231HISHISASPASPCC711 - 1099729 - 1117
331HISHISASPASPEE711 - 1099729 - 1117
112THRTHRASNASNAA13 - 35531 - 373
212THRTHRASNASNCC13 - 35531 - 373
312THRTHRASNASNEE13 - 35531 - 373
113ASNASNLEULEUAA392 - 710410 - 728
213ASNASNLEULEUCC392 - 710410 - 728
313ASNASNLEULEUEE392 - 710410 - 728
114ILEILELEULEUAA1100 - 11361118 - 1154
214ILEILELEULEUCC1100 - 11361118 - 1154
314ILEILELEULEUEE1100 - 11361118 - 1154
115TRPTRPSERSERBB54 - 10063 - 109
215TRPTRPSERSERDD54 - 10063 - 109
315TRPTRPSERSERFF54 - 10063 - 109
116TYRTYRGLUGLUBB101 - 421110 - 430
216TYRTYRGLUGLUDD101 - 421110 - 430
316TYRTYRGLUGLUFF101 - 421110 - 430

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / hsDDB1 / Damage-specific DNA-binding protein 1 / UV-damaged DNA-binding factor / DDB p127 subunit / ...hsDDB1 / Damage-specific DNA-binding protein 1 / UV-damaged DNA-binding factor / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe / XPE-binding factor / XPE-BF / HBV X-associated protein 1 / XAP-1


分子量: 129273.930 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / Cell (発現宿主): high five cells / 細胞株 (発現宿主): BTI-TN-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16531
#2: タンパク質 DNA damage-binding protein 2 / hsDDB2 / Damage-specific DNA-binding protein 2 / DDB p48 subunit / DDBb / UV-damaged DNA-binding ...hsDDB2 / Damage-specific DNA-binding protein 2 / DDB p48 subunit / DDBb / UV-damaged DNA-binding protein 2 / UV-DDB 2


分子量: 49047.133 Da / 分子数: 3 / Fragment: residues (-8)-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB2 / Cell (発現宿主): high five cells / 細胞株 (発現宿主): BTI-TN-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92466
配列の詳細THE FEATURE OF UNIPROT (DDB1_HUMAN Q16531) SHOWS CONFLICT AT THESE POSITIONS: 422 D -> Y (IN REF. 3; ...THE FEATURE OF UNIPROT (DDB1_HUMAN Q16531) SHOWS CONFLICT AT THESE POSITIONS: 422 D -> Y (IN REF. 3; AAA88883), 898-899 EL -> DV (IN REF. 3; AAA88883 AND 4; CAA05770)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.71 % / Mosaicity: 0.45 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 200 mM (NH4)2SO4; 800 mM LiSO2; 100 mM Na-Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 1.038 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.038 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 83678 / Num. obs: 85881 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rsym value: 0.132 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 7.537
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1814 / Rsym value: 0.483 / Χ2: 0.871 / % possible all: 19

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.4.0062精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
精密化解像度: 3.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 72.519 / SU ML: 0.541 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.649 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 2125 2.5 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.255 83678 80.2 %-
all-85881 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.29 Å2 / Biso mean: 64.131 Å2 / Biso min: 23.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.99 Å2-3.49 Å20 Å2
2---6.99 Å20 Å2
3---10.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35241 0 0 0 35241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02236003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.95748870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.40454518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15424.4471599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.517156135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.63415192
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.25562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02127117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0571.2522485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9531.7536369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.755213518
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.971312501
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3381TIGHT POSITIONAL0.020.03
1C3381TIGHT POSITIONAL0.010
1E3381TIGHT POSITIONAL0.020
1A3381TIGHT THERMAL3.4810
1C3381TIGHT THERMAL2.720
1E3381TIGHT THERMAL2.30
2A2689TIGHT POSITIONAL0.010.03
2C2689TIGHT POSITIONAL0.010
2E2689TIGHT POSITIONAL0.010
2A2689TIGHT THERMAL1.9910
2C2689TIGHT THERMAL2.190
2E2689TIGHT THERMAL1.980
3A2473TIGHT POSITIONAL0.020.03
3C2473TIGHT POSITIONAL0.010
3E2473TIGHT POSITIONAL0.020
3A2473TIGHT THERMAL2.9610
3C2473TIGHT THERMAL2.150
3E2473TIGHT THERMAL2.440
4A288TIGHT POSITIONAL0.010.03
4C288TIGHT POSITIONAL0.010
4E288TIGHT POSITIONAL0.010
4A288TIGHT THERMAL2.3410
4C288TIGHT THERMAL1.390.03
4E288TIGHT THERMAL1.420
5B364TIGHT POSITIONAL0.020.03
5D364TIGHT POSITIONAL0.020
5F364TIGHT POSITIONAL0.020
5B364TIGHT THERMAL2.1110
5D364TIGHT THERMAL1.80.03
5F364TIGHT THERMAL1.930
6B2521TIGHT POSITIONAL0.020.03
6D2521TIGHT POSITIONAL0.020
6F2521TIGHT POSITIONAL0.020
6B2521TIGHT THERMAL310
6D2521TIGHT THERMAL2.440
6F2521TIGHT THERMAL2.410
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 102 -
Rwork0.38 3912 -
all-4014 -
obs--51.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.86910.30011.07393.14030.42452.91440.2463-0.0710.15480.3178-0.0484-0.2518-0.0456-0.1642-0.198-0.38660.0589-0.0011-0.6005-0.0533-0.5645-31.806140.94857.044
22.2533-0.575-0.43784.4003-0.71282.7253-0.261-0.7096-0.22280.77090.19750.0033-0.02240.0320.0635-0.26820.0818-0.03820.0125-0.0386-0.25374.3634.68554.208
35.2254-0.6067-0.6882.94140.67062.78150.1304-0.9244-0.14010.5258-0.01830.0312-0.06460.0518-0.1121-0.2147-0.1158-0.0116-0.22960.0407-0.4747-105.60957.53551.578
42.6230.0449-1.13593.01420.0262.98610.30470.83270.3206-0.9935-0.2657-0.0849-0.0344-0.1266-0.0390.10580.361-0.04090.11040.2148-0.4381-35.043142.15521
52.8868-0.4650.54242.77340.49813.21830.10950.8189-0.0634-0.5624-0.2239-0.40140.04950.10530.1145-0.2283-0.05880.27810.108-0.0162-0.26997.22935.82118.099
63.83980.00730.25843.0845-1.07442.9167-0.30770.809-0.3521-0.93730.24970.20530.0744-0.04260.05810.1184-0.1563-0.1068-0.1131-0.3218-0.3556-106.28753.7915.533
74.0838-1.6949-0.91777.6301-0.75073.0111-0.3348-0.2598-0.38161.07240.40980.93730.0017-0.2787-0.0749-0.29760.12880.0818-0.2990.0128-0.4363-58.686181.73261.107
87.156-0.24270.58984.75261.61753.18960.0616-1.12670.84630.32330.0117-0.198-0.2229-0.0611-0.0732-0.2885-0.0401-0.08-0.0298-0.1191-0.286453.60335.82457.693
94.98842.26621.60275.6637-0.76614.28440.5414-0.3701-0.70980.5291-0.2701-0.88340.1320.1659-0.2712-0.1515-0.0782-0.1107-0.30950.1971-0.037-127.57112.9953.732
1018.23012.5951-0.758416.69012.53449.80361.34-0.45120.65020.8594-0.42542.04640.9684-1.8738-0.91470.13080.0309-0.15520.4282-0.3160.4386-70.094146.02852.473
115.9773-2.8331-0.88786.6329-0.79723.0575-0.04440.18450.65710.8421.0325-1.083-1.06040.935-0.98810.4948-0.2686-0.13320.4988-0.01030.855928.57964.6349.292
1216.4301-2.6456-3.64266.0048-3.19966.7521-0.5183-2.1202-2.2717-0.05830.58860.52761.29070.662-0.07020.43560.21070.16470.44230.13630.9008-90.79721.97547.118
132.0109-3.7135-0.541517.0823-4.26475.22280.27770.55720.5989-0.8913-0.3986-1.31810.17540.10360.121-0.4534-0.0171-0.0275-0.40270.0479-0.4156-23.659129.1845.696
1419.0646-8.5305-4.25416.40153.36951.7808-0.56670.4753-1.787-0.08320.10520.26510.5372-0.33090.4615-0.2854-0.01520.0224-0.3048-0.1427-0.2797-9.84133.7942.699
1517.945713.55955.820517.02672.44822.6062-0.279-0.5750.6011-0.48720.45910.6741-0.5714-0.2667-0.1801-0.36410.0292-0.1406-0.3118-0.0612-0.4571-99.75770.41939.832
164.07210.2535-1.05552.8450.35513.3980.00570.3067-0.5394-0.0268-0.26250.47680.2975-0.19970.2567-0.39530.0194-0.026-0.5009-0.168-0.3862-35.552101.44744.584
173.21380.53060.03484.36920.47963.1950.0012-0.00780.38240.0124-0.04550.2888-0.2752-0.13990.0444-0.3902-0.02810.1267-0.3292-0.1564-0.3756-26.68558.73640.633
183.6058-0.94930.36433.3993-0.8672.8062-0.07930.14520.0311-0.0864-0.1723-0.6707-0.06370.3880.2515-0.2971-0.1229-0.0628-0.3011-0.0509-0.268-69.85573.27437.248
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION1A356 - 391
3X-RAY DIFFRACTION1A711 - 1099
4X-RAY DIFFRACTION2C1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION2C356 - 391
6X-RAY DIFFRACTION2C711 - 1099
7X-RAY DIFFRACTION3E1 - 12
8X-RAY DIFFRACTION3E356 - 391
9X-RAY DIFFRACTION3E711 - 1099
10X-RAY DIFFRACTION4A13 - 355
11X-RAY DIFFRACTION5C13 - 355
12X-RAY DIFFRACTION6E13 - 355
13X-RAY DIFFRACTION7A392 - 710
14X-RAY DIFFRACTION8C392 - 710
15X-RAY DIFFRACTION9E392 - 710
16X-RAY DIFFRACTION10A1100 - 1136
17X-RAY DIFFRACTION11C1100 - 1136
18X-RAY DIFFRACTION12E1100 - 1136
19X-RAY DIFFRACTION13B67 - 100
20X-RAY DIFFRACTION14D67 - 100
21X-RAY DIFFRACTION15F67 - 100
22X-RAY DIFFRACTION16B101 - 416
23X-RAY DIFFRACTION17D101 - 416
24X-RAY DIFFRACTION18F101 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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