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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e7t | |||||||||
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タイトル | Structure of murine iNOS oxygenase domain with inhibitor AR-C102222 | |||||||||
要素 | Nitric oxide synthase, inducible一酸化窒素合成酵素 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NITRIC OXIDE SYNTHASE (一酸化窒素合成酵素) / NOS / HEME (ヘム) / TETRAHYDROBIOPTERIN (テトラヒドロビオプテリン) / OXIDOREDUCTASE Calmodulin-binding / FAD / FMN / Iron (鉄) / Metal-binding / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / Polymorphism / Zinc (亜鉛) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton / superoxide metabolic process / cGMP-mediated signaling / nitric-oxide synthase binding / cellular response to cytokine stimulus / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / regulation of insulin secretion / cellular response to organic cyclic compound / nitric-oxide synthase (NADPH) / blood vessel remodeling / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of blood pressure / nitric oxide biosynthetic process / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / Hsp90 protein binding / negative regulation of protein catabolic process / beta-catenin binding / 血圧 / ペルオキシソーム / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to type II interferon / 概日リズム / cellular response to xenobiotic stimulus / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / actin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / cadherin binding / 炎症 / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Garcin, E.D. / Arvai, A.S. / Rosenfeld, R.J. / Kroeger, M.D. / Crane, B.R. / Andersson, G. / Andrews, G. / Hamley, P.J. / Mallinder, P.R. / Nicholls, D.J. ...Garcin, E.D. / Arvai, A.S. / Rosenfeld, R.J. / Kroeger, M.D. / Crane, B.R. / Andersson, G. / Andrews, G. / Hamley, P.J. / Mallinder, P.R. / Nicholls, D.J. / St-Gallay, S.A. / Tinker, A.C. / Gensmantel, N.P. / Mete, A. / Cheshire, D.R. / Connolly, S. / Stuehr, D.J. / Aberg, A. / Wallace, A.V. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008 タイトル: Anchored plasticity opens doors for selective inhibitor design in nitric oxide synthase. 著者: Garcin, E.D. / Arvai, A.S. / Rosenfeld, R.J. / Kroeger, M.D. / Crane, B.R. / Andersson, G. / Andrews, G. / Hamley, P.J. / Mallinder, P.R. / Nicholls, D.J. / St-Gallay, S.A. / Tinker, A.C. / ...著者: Garcin, E.D. / Arvai, A.S. / Rosenfeld, R.J. / Kroeger, M.D. / Crane, B.R. / Andersson, G. / Andrews, G. / Hamley, P.J. / Mallinder, P.R. / Nicholls, D.J. / St-Gallay, S.A. / Tinker, A.C. / Gensmantel, N.P. / Mete, A. / Cheshire, D.R. / Connolly, S. / Stuehr, D.J. / Aberg, A. / Wallace, A.V. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e7t.cif.gz | 192.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e7t.ent.gz | 152.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e7t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e7t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e7t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3e65C 3e67C 3e68C 3e6lC 3e6nC 3e6oC 3e6tC 3e7gC 3e7iC 3e7mC 3e7sC 3eahC 3eaiC 3ebdC 3ebfC 3ej8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50120.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nos2, Inosl / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 5種, 331分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.15 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: LITHIUM SULFATE, MES, BOG, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 44360 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 42.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 93.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 415130 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.03 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 144.45 Å2 / Biso mean: 52.166 Å2 / Biso min: 18.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Num. reflection Rwork: 6568 / Total num. of bins used: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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