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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e6o | ||||||
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タイトル | Structure of murine INOS oxygenase domain with inhibitor AR-C124355 | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, inducible一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / nitric oxide (一酸化窒素) / NOS / HEME (ヘム) / tetrahydrobiopterin (テトラヒドロビオプテリン) / Calmodulin-binding / FAD / FMN / Iron (鉄) / Metal-binding / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / Polymorphism / Zinc (亜鉛) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton / superoxide metabolic process / cGMP-mediated signaling / nitric-oxide synthase binding / cellular response to cytokine stimulus / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / regulation of insulin secretion / cellular response to organic cyclic compound / blood vessel remodeling / nitric-oxide synthase (NADPH) / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of blood pressure / nitric oxide biosynthetic process / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / negative regulation of protein catabolic process / Hsp90 protein binding / cellular response to type II interferon / 血圧 / beta-catenin binding / positive regulation of interleukin-6 production / ペルオキシソーム / 概日リズム / cellular response to xenobiotic stimulus / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of cell population proliferation / NADP binding / actin binding / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / cadherin binding / 炎症 / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / metal ion binding / 細胞核 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Garcin, E.D. / Arvai, A.S. / Rosenfeld, R.J. / Kroeger, M.D. / Crane, B.R. / Andersson, G. / Andrews, G. / Hamley, P.J. / Mallinder, P.R. / Nicholls, D.J. ...Garcin, E.D. / Arvai, A.S. / Rosenfeld, R.J. / Kroeger, M.D. / Crane, B.R. / Andersson, G. / Andrews, G. / Hamley, P.J. / Mallinder, P.R. / Nicholls, D.J. / St-Gallay, S.A. / Tinker, A.C. / Gensmantel, N.P. / Mete, A. / Cheshire, D.R. / Connolly, S. / Stueh, D.J. / Aberg, A. / Wallace, A.V. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008 タイトル: Anchored plasticity opens doors for selective inhibitor design in nitric oxide synthase. 著者: Garcin, E.D. / Arvai, A.S. / Rosenfeld, R.J. / Kroeger, M.D. / Crane, B.R. / Andersson, G. / Andrews, G. / Hamley, P.J. / Mallinder, P.R. / Nicholls, D.J. / St-Gallay, S.A. / Tinker, A.C. / ...著者: Garcin, E.D. / Arvai, A.S. / Rosenfeld, R.J. / Kroeger, M.D. / Crane, B.R. / Andersson, G. / Andrews, G. / Hamley, P.J. / Mallinder, P.R. / Nicholls, D.J. / St-Gallay, S.A. / Tinker, A.C. / Gensmantel, N.P. / Mete, A. / Cheshire, D.R. / Connolly, S. / Stuehr, D.J. / Aberg, A. / Wallace, A.V. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e6o.cif.gz | 189.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e6o.ent.gz | 149.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e6o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/3e6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/3e6o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3e65C 3e67C 3e68C 3e6lC 3e6nC 3e6tC 3e7gC 3e7iC 3e7mC 3e7sC 3e7tC 3eahC 3eaiC 3ebdC 3ebfC 3ej8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50120.953 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 66-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: Lithium sulfate, MES, BOG, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 44766 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.294 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 558799 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.38 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.62 Å2 / Biso mean: 45.828 Å2 / Biso min: 12.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.6 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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