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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3.0E+26 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of M. tuberculosis glucosyl-3-phosphoglycerate synthase | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / glucosyltransferase / mycobacterial / GT81 UDP-glucose / 3-phosphoglycerate (3-ホスホグリセリン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / UDP-glucose metabolic process / hexosyltransferase activity / glycosyltransferase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Pereira, P.J.B. / Empadinhas, N. / Costa, M.S. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2008 タイトル: Mycobacterium tuberculosis glucosyl-3-phosphoglycerate synthase: structure of a key enzyme in methylglucose lipopolysaccharide biosynthesis 著者: Pereira, P.J.B. / Empadinhas, N. / Albuquerque, L. / Sa-Moura, B. / da Costa, M.S. / Macedo-Ribeiro, S. #1: ジャーナル: Fems Microbiol.Lett. / 年: 2008 タイトル: Identification of the mycobacterial glucosyl-3-phosphoglycerate synthase 著者: Empadinhas, N. / Albuquerque, L. / Mendes, V. / Macedo-Ribeiro, S. / da Costa, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e26.cif.gz | 68.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e26.ent.gz | 49.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e26.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e26 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35938.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: MT1246, Rv1208 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O05309, UniProt: P9WMW9*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 0.5% polyethyleneglycol monomethyl ether 5000, 0.65M Na-K phosphate tetrahydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月21日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→78.3 Å / Num. all: 21338 / Num. obs: 21338 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 53.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3117 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Rubrobacter xylanophilus mannosyl-3-phosphoglycerate synthase (Sa-Moura et al., Acta Cryst. (2008). F64, 760-763) 解像度: 2.5→70.374 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.064 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 127.33 Å2 / Biso mean: 65.546 Å2 / Biso min: 42.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→70.374 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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