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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dmf | ||||||
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タイトル | T. Thermophilus 16S rRNA N2 G1207 methyltransferase (RsmC) in complex with AdoMet | ||||||
要素 | Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / monomethyltranserase / 16S rRNA methyltransferase / G1207 methyltransferase / S-Adenosyl-L-Methionine (S-アデノシルメチオニン) / Translation (翻訳) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / tRNA processing / nucleic acid binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Crystal Structure of the Thermus thermophilus 16 S rRNA Methyltransferase RsmC in Complex with Cofactor and Substrate Guanosine. 著者: Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dmf.cif.gz | 103.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dmf.ent.gz | 78 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dmf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/3dmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/3dmf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41537.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytoplasm 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0533 / プラスミド: pET26B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 (Star) 参照: UniProt: Q5SKW0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-SAM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microbatch technique under oil / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5) 1.5 M lithium sulfate monohydrate, microbatch technique under oil, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9797 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008 詳細: Slits: Variable vertical and horizontal slits. Monochromator: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. ...詳細: Slits: Variable vertical and horizontal slits. Monochromator: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. Distance from monochromator to sample is variable between 2.5 and 4.5 m. Distance from the monochromator to source is ~10.5 m. |
放射 | モノクロメーター: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. Distance from monochromator to sample is variable ...モノクロメーター: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. Distance from monochromator to sample is variable between 2.5 and 4.5 m. Distance from the monochromator to source is ~10.5 m. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→30 Å / Num. obs: 55718 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 27.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3766 / % possible all: 92.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.58→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.976 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FOR STRUCTURE DETERMINATION, AUTHORS STATE THAT THEY SOLVED THESE STRUCTURES BY USING AN ANOMALOUS DATA FROM ANOTHER CRYSTAL. AUTHORS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FOR STRUCTURE DETERMINATION, AUTHORS STATE THAT THEY SOLVED THESE STRUCTURES BY USING AN ANOMALOUS DATA FROM ANOTHER CRYSTAL. AUTHORS REFINED THESE DATASETS BY USING PREVIOUS MODEL WITHOUT ANY MOLECULAR REPLACEMENT.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.085 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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