PDB-3d3k: Crystal structure of human Edc3p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d3k

タイトル

Crystal structure of human Edc3p

要素

Enhancer of mRNA-decapping protein 3

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / hEdc3 /

Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease /

P-body assembly /

P-body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule /

mRNA binding /

生体膜 / identical protein binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ling, S.H.M.

引用

ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of human Edc3 and its functional implications
著者: Ling, S.H.M. / Decker, C.J. / Walsh, M.A. / She, M. / Parker, R. / Song, H.

履歴

登録	2008年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d3k.cif.gz	189.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d3k.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/3d3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/3d3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d3jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hm8-3 2qb7-1 2bxr-1 4opu-d 2fys-1 2h96-2 1q8z-2 4qfn-2 1b6h-d 6x44-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enhancer of mRNA-decapping protein 3

B: Enhancer of mRNA-decapping protein 3

C: Enhancer of mRNA-decapping protein 3

D: Enhancer of mRNA-decapping protein 3

114 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Enhancer of mRNA-decapping protein 3

B: Enhancer of mRNA-decapping protein 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Enhancer of mRNA-decapping protein 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.2 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Enhancer of mRNA-decapping protein 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.377, 169.204, 163.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 258 - 506 / Label seq-ID: 9 - 257

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	D	D

#1: タンパク質	Enhancer of mRNA-decapping protein 3 / YjeF domain-containing protein 1 / LSM16 homolog 分子量: 28587.133 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal, UNP residues 250-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EDC3 / プラスミド: pGEX6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96F86
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 6000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2.2 Å / Num. all: 66636 / Num. obs: 63120
反射シェル	最高解像度: 2.2 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 10.267 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2558	3376	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22767	-	-	-
obs	0.22909	63120	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7208	0	0	348	7556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	7380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.102	1.978	10036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.734	5	916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.509	24.11	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.739	15	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.068	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	3263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	4957
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.141	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.175	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.557	1.5	4845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.97	2	7552
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.223	3	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.961	4.5	2484

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1796 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.32	0.5
medium thermal	0.44	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	252	-
R_work	0.253	4556	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4544	1.1078	-0.3649	1.948	-0.386	0.7524	-0.0407	-0.1311	-0.1706	-0.015	0.0172	-0.2043	0.0537	0.2341	0.0235	-0.0691	-0.0039	0.0075	0.0218	0.0025	-0.038	13.7756	39.4744	67.3719
2	1.1876	0.9203	0.148	1.4365	0.3887	0.6325	-0.0058	-0.0278	0.1063	-0.0419	-0.0176	0.1461	-0.0057	-0.0828	0.0234	-0.0583	-0.0175	-0.0097	-0.0281	0.0117	-0.0272	-13.7707	42.4031	67.387
3	0.9743	0.1275	-0.8774	0.4759	-0.5655	2.1458	-0.0438	0.0575	0.0274	-0.0279	-0.0022	0.0665	0.1203	-0.096	0.0461	-0.0857	-0.0147	0.0117	-0.0469	-0.0137	0.0059	33.3496	68.9602	41.4316
4	1.1813	0.1703	0.9319	0.6304	0.5788	2.2445	-0.0497	0.0801	0.0041	-0.0258	0.0154	-0.0613	-0.138	0.0928	0.0343	-0.0996	-0.0147	-0.01	-0.0559	0.008	0.0006	-33.3634	12.9482	41.4171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	258 - 264	9 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	268 - 323	19 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	333 - 447	84 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	453 - 507	204 - 258
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	258 - 264	9 - 15
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	268 - 323	19 - 74
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	333 - 447	84 - 198
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	453 - 507	204 - 258
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	258 - 264	9 - 15
10	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	268 - 323	19 - 74
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	333 - 447	84 - 198
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	453 - 507	204 - 258
13	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	258 - 264	9 - 15
14	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	268 - 323	19 - 74
15	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	333 - 447	84 - 198
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	453 - 507	204 - 258

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