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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d3i | |||||||||
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タイトル | Crystal structural of Escherichia coli K12 YgjK, a glucosidase belonging to glycoside hydrolase family 63 | |||||||||
要素 | Uncharacterized protein ygjK | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GH63 / processing alpha-glucosidase / alpha/alpha barrel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucosidase complex / trehalose catabolic process / alpha,alpha-trehalase activity / glucosidase activity / organic substance catabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / DNA damage response / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Kurakata, Y. / Uechi, A. / Yoshida, H. / Kamitori, S. / Sakano, Y. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structural insights into the substrate specificity and function of Escherichia coli K12 YgjK, a glucosidase belonging to the glycoside hydrolase family 63. 著者: Kurakata, Y. / Uechi, A. / Yoshida, H. / Kamitori, S. / Sakano, Y. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of Escherichia coli K12 YgjK protein, a member of glycosyl hydrolase family 63 著者: Tonozuka, T. / Uechi, A. / Mizuno, M. / Ichikawa, K. / Nishikawa, A. / Sakano, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d3i.cif.gz | 349.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3d3i.ent.gz | 290.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/3d3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/3d3i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86779.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ygjK, b3080, JW3051 / プラスミド: pYgjK-SIG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42592 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 20% PEG 8000, 0.6M magnesium chloride, 100mM Tris-HCl buffer, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.97912 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97912 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 139299 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→50 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→50 Å
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