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万見
- PDB-3cx8: Crystal Structure of PDZRhoGEF rgRGS Domain in a Complex with Gal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cx8
タイトルCrystal Structure of PDZRhoGEF rgRGS Domain in a Complex with Galpha-13 Bound to GTP-gamma-S
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein alpha-13 subunit
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 11
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) / PROTEIN COMPLEX (タンパク質複合体) / GTP-binding / Lipoprotein (リポタンパク質) / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Palmitate (パルミチン酸) / Phosphoprotein / Transducer (トランスデューサー) / Coiled coil (コイルドコイル) / Cytoplasm (細胞質) / GTPase activation / Guanine-nucleotide releasing factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / D5 dopamine receptor binding / RHOB GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / : / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / RAC1 GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / regulation of fibroblast migration ...Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / D5 dopamine receptor binding / RHOB GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / : / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / RAC1 GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / regulation of fibroblast migration / RHOA GTPase cycle / Thromboxane signalling through TP receptor / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / RAC1 GTPase cycle / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (12/13) signalling events / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / branching involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Rho protein signal transduction / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / brush border membrane / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 凝固・線溶系 / 血圧 / heterotrimeric G-protein complex / メラノソーム / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of cell shape / 血管新生 / in utero embryonic development / 細胞分化 / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
G-protein alpha subunit, group 12/13 / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / GI Alpha 1, domain 2-like ...G-protein alpha subunit, group 12/13 / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZドメイン / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13 / Rho guanine nucleotide exchange factor 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Sprang, S.R. / Chen, Z.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Recognition of the Activated States of Galpha13 by the rgRGS Domain of PDZRhoGEF.
著者: Chen, Z. / Singer, W.D. / Danesh, S.M. / Sternweis, P.C. / Sprang, S.R.
履歴
登録2008年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein alpha-13 subunit
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6304
ポリマ－63,0672
非ポリマー5642
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.109, 66.117, 152.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein alpha-13 subunit / G alpha-13


分子量: 39743.516 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminally truncated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gna13, Gna-13 / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27601
#2: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 11 / RhoGEF glutamate transport modulator GTRAP48


分子量: 23323.350 Da / 分子数: 1 / 断片: RhoGEF-RGS (rgRGS) Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arhgef11 / プラスミド: pGEX-kG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ES67
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17-24 % polyethylene glycol 8000 and 100 mM Na+ HEPES, pH 7.3-7.8, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月26日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 40370 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.467 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB Entry 1ZCB, 1HTJ

1zcb

1htj


解像度: 2→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 4000 9.9 %Random
Rwork0.223 ---
all0.243 40516 --
obs0.243 39804 98.2 %-
溶媒の処理Bsol: 39.525 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 32.504 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.325 Å20 Å20 Å2
2--0.766 Å20 Å2
3---0.559 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4182 0 33 298 4513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.306
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3372
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.6192.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION4GTPgS.paramGTPgS.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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