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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cfp | ||||||
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タイトル | Structure of the replicating complex of a POL Alpha family DNA Polymerase, ternary complex 1 | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/DNA / DNA POLYMERASE (DNAポリメラーゼ) / CATALYTIC COMPLEX / FIDELITY / TWO METAL ION MECHANISM / DNA replication (DNA複製) / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / Exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / Hydrolase (加水分解酵素) / Nuclease (ヌクレアーゼ) / Nucleotidyltransferase / Transferase (転移酵素) / Transferase-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacteriophage RB69 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J. / Klimenko, D. / Wang, M. / Steitz, T.A. / Konigsberg, W.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Insights into base selectivity from the structures of an RB69 DNA Polymerase triple mutant 著者: Klimenko, D. / Wang, M. / Steitz, T.A. / Konigsberg, W.H. / Wang, J. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of a POL Alpha family replicative DNA Polymerase from bacteriophage RB69 著者: Wang, J. / Sattar, A.K. / Wang, C.C. / Karam, J.D. / Konigsberg, W.H. / Steitz, T.A. / Franklin, M.C. #2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001 タイトル: Structure of the replicating complex of a POL Alpha DNA polymerase 著者: Franklin, M.C. / Wang, J. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cfp.cif.gz | 224.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cfp.ent.gz | 172.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cfp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 TP
#1: DNA鎖 | 分子量: 5550.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: SYNTHEsized by W.M. KECK FACILITY AT YALE UNIVERSITY) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4240.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: SYNTHEsized by W.M. KECK FACILITY AT YALE UNIVERSITY) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#3: タンパク質 | 分子量: 105407.852 Da / 分子数: 1 / Mutation: L561A, S565G, Y567A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage RB69 (ファージ) / 遺伝子: 43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38087, DNAポリメラーゼ |
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-非ポリマー , 4種, 305分子
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | ChemComp-TTP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 7% PEG350 monomethyl ether, 0.1M NA CACODYLATE, 0.14M CACL2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 42496 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.088 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.8 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.1045 / Num. unique all: 9961 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 25.497 / SU ML: 0.276 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.811 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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