A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase ヘテロ分子
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection
Av σ(I) over netI: 13 / 数: 289244 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.95 / D res high: 2.08 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 90237 / % possible obs: 90.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)
最低解像度 (Å)
% possible obs (%)
ID
Rmerge(I) obs
Chi squared
4.48
50
95
1
0.051
0.922
3.56
4.48
92.2
1
0.051
0.882
3.11
3.56
93.5
1
0.064
0.914
2.82
3.11
94.9
1
0.082
1.075
2.62
2.82
95.8
1
0.104
0.934
2.47
2.62
95.4
1
0.128
0.963
2.34
2.47
91.8
1
0.14
1.03
2.24
2.34
86.9
1
0.155
0.915
2.15
2.24
83.8
1
0.175
0.986
2.08
2.15
78.2
1
0.199
0.887
反射
解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 90237 / % possible obs: 90.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.952 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル
解像度 (Å)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
% possible all
2.08-2.15
0.199
7736
0.887
78.2
2.15-2.24
0.175
8317
0.986
83.8
2.24-2.34
0.155
8608
0.915
86.9
2.34-2.47
0.14
9112
1.03
91.8
2.47-2.62
0.128
9491
0.963
95.4
2.62-2.82
0.104
9517
0.934
95.8
2.82-3.11
0.082
9396
1.075
94.9
3.11-3.56
0.064
9303
0.914
93.5
3.56-4.48
0.051
9224
0.882
92.2
4.48-50
0.051
9533
0.922
95
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.004
データ抽出
精密化
解像度: 2.07→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.301 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.257
2066
2.3 %
RANDOM
Rwork
0.213
-
-
-
obs
0.214
90191
90.46 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 34.538 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
2.18 Å2
0 Å2
-2.89 Å2
2-
-
-3.21 Å2
0 Å2
3-
-
-
-1.69 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.07→50 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
12298
0
180
493
12971
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.008
0.021
12669
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_other_d
0.002
0.02
11729
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.196
1.987
17140
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_other_deg
0.747
3
27316
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
5.669
5
1650
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.06
0.2
1965
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.003
0.02
14159
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_other
0.002
0.02
2363
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.184
0.2
2795
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_other
0.216
0.2
14213
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_other
0.08
0.2
7719
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.158
0.2
551
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
0.161
0.2
19
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_other
0.197
0.2
74
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
0.165
0.2
9
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
0.399
1.5
8211
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
0.752
2
13121
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
1.023
3
4458
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
1.756
4.5
4019
LS精密化 シェル
解像度: 2.068→2.122 Å / Total num. of bins used: 20 /