PDB-3ccz: Thermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reduc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ccz

タイトル

Thermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reductase inhibitors

要素

3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

HMG-CoAレダクターゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS /

HMG-COA (ヒドロキシメチルグルタリルCoA) /

NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) /

STATIN (スタチン) /

Alternative splicing (選択的スプライシング) /

Endoplasmic reticulum (小胞体) /

Glycoprotein (糖タンパク質) /

Lipid synthesis (脂質代謝) /

Membrane (生体膜) /

Peroxisome (ペルオキシソーム) / Polymorphism /

Steroid biosynthesis (ステロイド) /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ (NADPH) /

hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / GTPase regulator activity /

coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / peroxisomal membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Pavlovsky, A. / Sarver, R.W. / Harris, M.S. / Finzel, B.C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Thermodynamic and structure guided design of statin based inhibitors of 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme a reductase.
著者: Sarver, R.W. / Bills, E. / Bolton, G. / Bratton, L.D. / Caspers, N.L. / Dunbar, J.B. / Harris, M.S. / Hutchings, R.H. / Kennedy, R.M. / Larsen, S.D. / Pavlovsky, A. / Pfefferkorn, J.A. / Bainbridge, G.

履歴

登録	2008年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ccz.cif.gz	331.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ccz.ent.gz	269 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ccz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/3ccz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/3ccz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cctC 3ccwC 3cd0C 3cd5C 3cd7C 3cdaC 3cdbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cct-d 3cdb-d 3cd0-d 3ccw-d 3cda-d 2q6c-d 2r4f-d 3bgl-d 3cd5-d 2q1l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (20) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

ヘテロ分子

192 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.862, 135.655, 83.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / HMG-CoAレダクターゼ / HMG-CoA reductase 分子量: 47479.551 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 441-875) / 変異: M485I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMGCR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR 参照: UniProt: P04035, ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-5HI / (3R,5R)-7-[2-(4-fluorophenyl)-4-{[(1S)-2-hydroxy-1-phenylethyl]carbamoyl}-5-(1-methylethyl)-1H-imidazol-1-yl]-3,5-dihydroxyheptanoic acid 分子量: 527.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₄FN₃O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: protein 15-20 mg/ml, Ligand (saturated),PEG 4000, MgCl2 0.2M, Tris-HCL pH8 0.1M, 7-10 days, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 26.4 / 数: 694736 / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 0.85 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 187138 / % possible obs: 93.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.66	50	90.1	1	0.038	0.341	3.6
2.91	3.66	99.1	1	0.037	0.759	3.8
2.54	2.91	99.7	1	0.039	0.803	3.8
2.31	2.54	99.6	1	0.041	0.837	3.8
2.14	2.31	99.3	1	0.046	0.901	3.8
2.02	2.14	99.1	1	0.054	0.975	3.8
1.91	2.02	98.9	1	0.067	0.941	3.8
1.83	1.91	98.7	1	0.085	0.936	3.8
1.76	1.83	84.8	1	0.095	0.997	3.3
1.7	1.76	66.9	1	0.116	1.022	3.1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 187138 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 0.845 / Net I/σ(I): 26.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.7-1.76	3.1	0.116	13330	1.022	66.9
1.76-1.83	3.3	0.095	16925	0.997	84.8
1.83-1.91	3.8	0.085	19681	0.936	98.7
1.91-2.02	3.8	0.067	19696	0.941	98.9
2.02-2.14	3.8	0.054	19790	0.975	99.1
2.14-2.31	3.8	0.046	19867	0.901	99.3
2.31-2.54	3.8	0.041	19820	0.837	99.6
2.54-2.91	3.8	0.039	19940	0.803	99.7
2.91-3.66	3.8	0.037	19888	0.759	99.1
3.66-50	3.6	0.038	18201	0.341	90.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 2.616 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	3756	2 %	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
obs	0.233	187015	93.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.234 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0.85 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12061	0	172	1236	13469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	12405
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.86	1.986	16764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.155	3	26781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.391	5	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	13819
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.149	0.2	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	14173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.076	0.2	7500
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.071	0.2	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.088	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.138	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.019	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.23	1.5	8015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.433	2	12828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.492	3	4390
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.89	4.5	3936

LS精密化シェル

解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.322	194
R_work	0.289	9358
all	-	9552

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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