PDB-3c4y: Crystal Structure of Apo form of G protein coupled receptor kinas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c4y

タイトル

Crystal Structure of Apo form of G protein coupled receptor kinase 1 at 7.51A

要素

Rhodopsin kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Ser/Thr kinase / RGS homology domain / G protein coupled receptor kinase / GRK /

GRK1 /

rhodopsin kinase /

P-loop (Walkerモチーフ) /

autophosphorylation (自己リン酸化) / ATP-binding /

Lipoprotein (リポタンパク質) /

Membrane (生体膜) /

Methylation (メチル化) / Nucleotide-binding /

Phosphoprotein /

Prenylation (プレニル化) /

Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

rhodopsin kinase /

rhodopsin kinase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade /

regulation of signal transduction /

視覚 / photoreceptor disc membrane / protein autophosphorylation /

シグナル伝達 /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 7.509 Å

データ登録者

Singh, P. / Tesmer, J.J.G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structures of rhodopsin kinase in different ligand states reveal key elements involved in G protein-coupled receptor kinase activation.
著者: Singh, P. / Wang, B. / Maeda, T. / Palczewski, K. / Tesmer, J.J.

履歴

登録	2008年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c4y.cif.gz	187.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c4y.ent.gz	150 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/3c4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/3c4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c4wSC 3c4xC 3c4zC 3c50C 3c51C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c51-d 4pni-1 3c4x-d 3qc9-1 3c4w-d 1ym4-d 4l9i-d 2zjk-d 3dpq-d 3c50-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (6) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (6)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (3)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Rhodopsin kinase

B: Rhodopsin kinase

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.313, 123.313, 192.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	THR	THR	A	A	30 - 265	30 - 265
2	1	1	SER	SER	THR	THR	B	B	30 - 265	30 - 265
3	2	1	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	494 - 532	494 - 532
4	2	1	ALA	ALA	ARG	ARG	B	B	494 - 532	494 - 532
1	1	2	ILE	ILE	ASP	ASP	A	A	266 - 472	266 - 472
2	1	2	ILE	ILE	ASP	ASP	B	B	266 - 472	266 - 472

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Rhodopsin kinase / / RK / G protein-coupled receptor kinase 1 分子量: 61429.934 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-535 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GRK1, RHOK / 細胞株 (発現宿主): High 5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P28327, rhodopsin kinase

#1: タンパク質

Rhodopsin kinase /

/ RK / G protein-coupled receptor kinase 1

分子量: 61429.934 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-535 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GRK1, RHOK / 細胞株 (発現宿主): High 5 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P28327,

rhodopsin kinase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: PEG 3350, NaCl, MES pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97967 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97967 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 7.5→50 Å / Num. obs: 2383

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C4W

3c4w

解像度: 7.509→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / SU B: 630.819 / SU ML: 2.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.18216	-	-
obs	0.18216	2230	99.73 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 194.421 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 7.509→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7629	0	0	0	7629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	7806
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.999	1.969	10521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.823	3	13406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.729	5	935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.458	23.513	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.607	15	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	5757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.12	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.261	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.075	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.142	1.5	6129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.011	1.5	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.147	2	7498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.136	3	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.198	4.5	3023
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0.01 Å

Ens-ID	数	タイプ	Weight position
1	3679	tight positional	0.05
2	2805	tight positional	0.05
1	3679	tight thermal	0.5
2	2805	tight thermal	0.5

LS精密化シェル

解像度: 7.509→7.676 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.4	156	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	96.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3505	-3.0015	-3.1502	6.0223	1.5812	9.6204	1.1215	-0.1302	-0.3946	0.5679	-0.5357	2.314	0.2347	1.2953	-0.5858	-0.741	-0.7503	-0.3619	-0.6881	0.4715	0.0279	-43.656	-20.382	-21.429
2	20.5421	-6.7006	-8.846	14.975	10.3092	8.1185	0.3445	-0.4939	-0.9998	-1.1404	0.1188	-1.5167	1.3931	0.0142	-0.4633	-0.592	-0.4799	-0.721	-0.0173	1.039	-0.4383	-21.46	-37.546	-45.466
3	3.1476	-3.9619	-2.3931	19.7558	18.482	18.0234	1.4997	-1.3468	-0.2063	1.7429	-0.6283	-0.9344	1.3649	-2.414	-0.8714	0.724	-0.6531	-0.6063	0.0382	0.2363	-0.6766	-55.612	-0.16	6.917
4	11.5402	6.3026	1.1146	12.3499	1.5596	19.4783	0.0136	2.5646	-0.1221	-0.2918	1.2269	1.0589	-2.633	-1.338	-1.2405	0.2667	0.1652	-0.4181	-0.0351	0.8209	-0.6047	-28.163	-23.496	-67.879
5	16.0951	-3.3847	-4.1123	2.0694	-2.9367	11.6951	-0.7326	-1.9002	-1.1975	1.4265	-0.078	0.5063	1.693	-2.0173	0.8106	1.5805	-0.3104	0.4924	-0.0004	0.6629	0.3777	-70.285	-18.309	20.825

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	30 - 180	30 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	30 - 180	30 - 180
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	512 - 532	512 - 532
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	512 - 532	512 - 532
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	181 - 265	181 - 265
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	494 - 511	494 - 511
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	181 - 265	181 - 265
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	494 - 511	494 - 511
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	266 - 474	266 - 474
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	266 - 472	266 - 472

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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