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万見
- PDB-3b1r: Structure of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase (BthNK)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b1r
タイトルStructure of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase (BthNK) in complex with AMP-Mg-AMP
要素Ribokinase, putativeリボキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / kinase (キナーゼ) / ATP binding (アデノシン三リン酸) / Mg binding / Nucleoside binding (ヌクレオシド)
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / リン酸化 / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / Ribokinase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Ota, H. / Hino, E. / Sakasegawa, S. / Tamura, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structures of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase: implications for the catalytic mechanism and nucleoside selectivity
著者: Yasutake, Y. / Ota, H. / Hino, E. / Sakasegawa, S. / Tamura, T.
履歴
登録2011年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribokinase, putative
B: Ribokinase, putative
C: Ribokinase, putative
D: Ribokinase, putative
E: Ribokinase, putative
F: Ribokinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,73725
ポリマ－210,4006
非ポリマー4,33719
水18,3931021
1
A: Ribokinase, putative
D: Ribokinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5959
ポリマ－70,1332
非ポリマー1,4627
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area22690 Å2
手法PISA
2
B: Ribokinase, putative
E: Ribokinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5718
ポリマ－70,1332
非ポリマー1,4376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
3
C: Ribokinase, putative
F: Ribokinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5718
ポリマ－70,1332
非ポリマー1,4376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area22450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.222, 125.222, 115.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Ribokinase, putative / リボキナーゼ / Nucleoside kinase


分子量: 35066.723 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / 遺伝子: BTH_I1158 / プラスミド: pTip-QC2 / 発現宿主: Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株 (発現宿主): L88 / 参照: UniProt: Q2SZE4, EC: 2.7.1.143
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1021 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris, 0.2M MgCl2, 20% PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.501
11-H, H+K, -L20.499
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 136213 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B1N

3b1n


解像度: 2→42.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.659 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The refinement was performed using twinning operator (-H, H+K, -L) and with estimating the twinning fraction.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20398 7058 5.2 %RANDOM
Rwork0.16728 ---
obs0.16916 129118 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.31 Å20 Å20 Å2
2--6.31 Å20 Å2
3----12.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14232 0 283 1021 15536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02114875
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.97620226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05351868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.23123.314691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.543152311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.97615126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5011.59201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.902214677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41735674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1674.55542
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 504 -
Rwork0.164 9444 -
obs--98.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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