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- PDB-3al8: Plexin A2 / Semaphorin 6A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3al8
タイトルPlexin A2 / Semaphorin 6A complex
要素
  • Plexin-A2
  • Semaphorin-6A
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / signaling complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / cerebellar granule cell precursor tangential migration / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / semaphorin receptor binding / negative regulation of sprouting angiogenesis / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance ...negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / cerebellar granule cell precursor tangential migration / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / semaphorin receptor binding / negative regulation of sprouting angiogenesis / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / limb bud formation / semaphorin receptor complex / positive regulation of neuron migration / pharyngeal system development / chemorepellent activity / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / neural tube development / 神経堤 / centrosome localization / negative chemotaxis / positive regulation of axonogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / somitogenesis / regulation of cell migration / negative regulation of angiogenesis / 軸索誘導 / neuron migration / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transmembrane signaling receptor activity / regulation of cell shape / collagen-containing extracellular matrix / cell surface receptor signaling pathway / 神経繊維 / apoptotic process / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Plexin-A2, sema domain / セマフォリン / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain ...Plexin-A2, sema domain / セマフォリン / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Semaphorin-6A / Plexin-A2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Nogi, T. / Yasui, N. / Mihara, E. / Takagi, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structural basis for semaphorin signalling through the plexin receptor.
著者: Nogi, T. / Yasui, N. / Mihara, E. / Matsunaga, Y. / Noda, M. / Yamashita, N. / Toyofuku, T. / Uchiyama, S. / Goshima, Y. / Kumanogoh, A. / Takagi, J.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semaphorin-6A
B: Plexin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,7968
ポリマ－123,0492
非ポリマー2,7486
水0
1
A: Semaphorin-6A
B: Plexin-A2
ヘテロ分子

A: Semaphorin-6A
B: Plexin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,59216
ポリマ－246,0974
非ポリマー5,49512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area43340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)240.870, 240.870, 146.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Semaphorin-6A / Semaphorin VIA / Sema VIA / Semaphorin-6A-1 / SEMA6A-1 / Semaphorin Q / Sema Q


分子量: 62863.398 Da / 分子数: 1 / 断片: sema and PSI domain (UNP RESIDUES 19-570) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sema6a, Semaq / プラスミド: pSGVH0 / Cell (発現宿主): CHO lec 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: O35464
#2: タンパク質 Plexin-A2 / Plexin-2 / Plex 2


分子量: 60185.113 Da / 分子数: 1 / 断片: sema and PSI domain (UNP RESIDUES 31-561) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plxna2, Kiaa0463 / プラスミド: pcDNA3.1/His-Myc / Cell (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P70207
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 18-25% (wt./vol.) PEG 1000, 0.2-0.3M MgCl2, 0.1M Na-cacodylate pH 5.5-6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.15 Å / Num. obs: 29317 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 59.723 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 3.6→3.79 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 4222 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→49.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 28.537 / SU ML: 0.422 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.577 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28733 1483 5.1 %RANDOM
Rwork0.23039 ---
obs0.23316 27830 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 99.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.62 Å20.81 Å20 Å2
2--1.62 Å20 Å2
3----2.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8148 0 181 0 8329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0981.98211626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.01251031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.04923.615379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.203151381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9481552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.451.55158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82728345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.61233396
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.134.53281
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 115 -
Rwork0.29 2008 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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