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- PDB-3al3: Crystal Structure of TopBP1 BRCT7/8-BACH1 peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3al3
タイトルCrystal Structure of TopBP1 BRCT7/8-BACH1 peptide complex
要素
  • DNA topoisomerase 2-binding protein 1
  • Peptide of Fanconi anemia group J protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / BRCT domain-phosphopeptide complex / DNA BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic DNA double-strand break processing involved in reciprocal meiotic recombination / cellular response to vitamin / chiasma assembly / spermatogonial cell division / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / double-strand break repair involved in meiotic recombination / 相同組換え ...meiotic DNA double-strand break processing involved in reciprocal meiotic recombination / cellular response to vitamin / chiasma assembly / spermatogonial cell division / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / double-strand break repair involved in meiotic recombination / 相同組換え / protein localization to site of double-strand break / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / protein-DNA covalent cross-linking repair / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / 5'-3' DNA helicase activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / cellular response to angiotensin / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / DNA metabolic process / response to ionizing radiation / seminiferous tubule development / spermatid development / site of DNA damage / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / DNA replication initiation / chromosome organization / DNA helicase activity / protein serine/threonine kinase activator activity / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / response to toxic substance / 紡錘体 / double-strand break repair / マイクロフィラメント / site of double-strand break / 染色体 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / Processing of DNA double-strand break ends / cellular response to hypoxia / 核膜 / ヘリカーゼ / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / RNA helicase activity / nuclear body / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / DNA修復 / 中心体 / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1, first BRCT domain / Secretoglobin superfamily / twin BRCT domain / BRCT domain / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal ...: / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1, first BRCT domain / Secretoglobin superfamily / twin BRCT domain / BRCT domain / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ギ酸 / DNA topoisomerase 2-binding protein 1 / Fanconi anemia group J protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Leung, C.C. / Glover, J.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of BACH1/FANCJ recognition by TopBP1 in DNA replication checkpoint control
著者: Leung, C.C. / Gong, Z. / Chen, J. / Glover, J.N.
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月30日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2-binding protein 1
B: Peptide of Fanconi anemia group J protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8453
ポリマ－27,7992
非ポリマー461
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.069, 78.069, 136.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2-binding protein 1 / DNA topoisomerase II-binding protein 1 / DNA topoisomerase II-beta-binding protein 1 / TopBP1


分子量: 26471.287 Da / 分子数: 1 / 断片: BRCT7 and BRCT8, UNP residues 1264-1493 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0259, TOPBP1 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: Q92547
#2: タンパク質・ペプチド Peptide of Fanconi anemia group J protein / Protein FANCJ / ATP-dependent RNA helicase BRIP1 / BRCA1-interacting protein C-terminal helicase 1 ...Protein FANCJ / ATP-dependent RNA helicase BRIP1 / BRCA1-interacting protein C-terminal helicase 1 / BRCA1-interacting protein 1 / BRCA1-associated C-terminal helicase 1


分子量: 1327.330 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1129-1138 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 参照: UniProt: Q9BX63
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 % / Mosaicity: 0.507 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Sodium formate, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 14063 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.797 / Net I/σ(I): 28.987
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.236.20.52613650.6621100
2.23-2.326.80.46313700.6711100
2.32-2.427.10.37413620.7031100
2.42-2.557.10.2913720.711100
2.55-2.717.10.18813840.7151100
2.71-2.927.10.13213840.771100
2.92-3.217.10.08114000.8491100
3.21-3.686.90.05714100.9391100
3.68-4.636.80.04214491.051100
4.63-506.30.02615670.875199.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 46.59 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å33.9 Å
Translation2.5 Å33.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AL2

3al2


解像度: 2.15→33.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.2364 / WRfactor Rwork: 0.1956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8292 / SU B: 12.379 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.2561 / SU Rfree: 0.1986 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2364 699 5 %RANDOM
Rwork0.1955 ---
obs0.1975 14021 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.78 Å2 / Biso mean: 47.2525 Å2 / Biso min: 27.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.14 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→33.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1823 0 3 96 1922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.9522607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8225243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49924.04394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.27515325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.8741512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5721.51160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05321869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5013755
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4594.5729
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 63 -
Rwork0.225 932 -
all-995 -
obs--99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8124-0.92452.41411.202-1.48284.0167-0.05530.0767-0.1425-0.0386-0.0483-0.02540.324-0.03930.10360.1398-0.02180.1020.0594-0.03240.0951-20.3815-17.1593-0.4357
21.793-2.37721.86736.5409-5.81628.4023-0.22760.1230.25030.3582-0.2176-0.5114-0.08470.63830.44520.1123-0.0316-0.01240.1641-0.0010.1846-15.6655-4.1494-2.1742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1266 - 1491
2X-RAY DIFFRACTION2B1129 - 1138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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