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万見
- PDB-3afi: Crystal structure of DBJA (HIS-DBJA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3afi
タイトルCrystal structure of DBJA (HIS-DBJA)
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / A/B-HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / hydrolase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Sato, Y. / Senda, T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: Enantioselectivity of haloalkane dehalogenases and its modulation by surface loop engineering
著者: Prokop, Z. / Sato, Y. / Brezovsky, J. / Mozga, T. / Chaloupkova, R. / Koudelakova, T. / Jerabek, P. / Stepankova, V. / Natsume, R. / van Leeuwen, J.G. / Janssen, D.B. / Florian, J. / Nagata, ...著者: Prokop, Z. / Sato, Y. / Brezovsky, J. / Mozga, T. / Chaloupkova, R. / Koudelakova, T. / Jerabek, P. / Stepankova, V. / Natsume, R. / van Leeuwen, J.G. / Janssen, D.B. / Florian, J. / Nagata, Y. / Senda, T. / Damborsky, J.
履歴
登録2010年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Haloalkane dehalogenase
A: Haloalkane dehalogenase
B: Haloalkane dehalogenase
F: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,9778
ポリマ－139,8354
非ポリマー1424
水20,1771120
1
E: Haloalkane dehalogenase
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9884
ポリマ－69,9182
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area23580 Å2
手法PISA
2
B: Haloalkane dehalogenase
F: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9884
ポリマ－69,9182
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area23660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)212.855, 117.843, 55.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Haloalkane dehalogenase /


分子量: 34958.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 株: USDA 110 / 遺伝子: DBJA / プラスミド: PYBJA2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P59337, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: PEG 4000, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月30日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 134673 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BN6

1bn6


解像度: 1.75→35.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.819 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19076 6770 5 %RANDOM
Rwork0.16674 ---
obs0.16794 127902 95.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.867 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9401 0 4 1120 10525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0229701
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.94713209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.18451196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.60521.875464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.553151424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.02815100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.24700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.26684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.2963
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0870.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6541.56028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23329656
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it233673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3664.53553
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.753→1.798 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 450 -
Rwork0.184 8607 -
obs--87.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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