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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a60 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of unphosphorylated p70S6K1 (Form I) | ||||||
要素 | Ribosomal protein S6 kinase beta-1リボソーム | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / Kinase domain (キナーゼ) / Inactive / Active / Ribosomal S6 kinase (リボソームタンパク質S6キナーゼ) / Activation (活性化) / Alternative initiation / ATP-binding / Cell junction (細胞結合) / Cytoplasm (細胞質) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase / Synapse (シナプス) / Synaptosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / regulation of glucose import / ribosomal protein S6 kinase activity / response to L-leucine / cellular response to nutrient / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to glucagon ...long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / regulation of glucose import / ribosomal protein S6 kinase activity / response to L-leucine / cellular response to nutrient / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to glucagon / response to testosterone / positive regulation of smooth muscle cell migration / MTOR / mTORC1-mediated signalling / germ cell development / positive regulation of translational initiation / skeletal muscle contraction / long-term memory / behavioral fear response / response to tumor necrosis factor / response to glucose / response to mechanical stimulus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / response to nutrient levels / positive regulation of translation / protein phosphatase 2A binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / PDZ domain binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / peptide binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / G1/S transition of mitotic cell cycle / modulation of chemical synaptic transmission / response to toxic substance / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to type II interferon / cellular response to insulin stimulus / 遊走 / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / non-specific serine/threonine protein kinase / neuron projection / protein kinase activity / response to xenobiotic stimulus / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / シグナル伝達 / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sunami, T. / Byrne, N. / Diehl, R.E. / Funabashi, K. / Hall, D.L. / Ikuta, M. / Patel, S.B. / Shipman, J.M. / Smith, R.F. / Takahashi, I. ...Sunami, T. / Byrne, N. / Diehl, R.E. / Funabashi, K. / Hall, D.L. / Ikuta, M. / Patel, S.B. / Shipman, J.M. / Smith, R.F. / Takahashi, I. / Zugay-Murphy, J. / Iwasawa, Y. / Lumb, K.J. / Munshi, S.K. / Sharma, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural basis of human p70 ribosomal S6 kinase-1 regulation by activation loop phosphorylation. 著者: Sunami, T. / Byrne, N. / Diehl, R.E. / Funabashi, K. / Hall, D.L. / Ikuta, M. / Patel, S.B. / Shipman, J.M. / Smith, R.F. / Takahashi, I. / Zugay-Murphy, J. / Iwasawa, Y. / Lumb, K.J. / Munshi, S.K. / Sharma, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a60.cif.gz | 118.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3a60.ent.gz | 91.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a60.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/3a60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/3a60 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36936.641 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 75-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVL1392 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P23443, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2M lithium sulfate, 22.5% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→19.81 Å / Num. obs: 20565 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 70.1 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 83.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: p70S6K1 homology model based on the published RSK1 structure; PDB ENTRY 2Z7R 解像度: 2.8→19.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1025624.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.6967 Å2 / ksol: 0.325502 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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