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- PDB-2zxq: Crystal structure of endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase from Bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zxq
タイトルCrystal structure of endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase from Bifidobacterium longum (EngBF)
要素Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Broken TIM barrel / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / mucinaminylserine mucinaminidase activity / glycopeptide alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / 代謝 / carbohydrate binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Designed single chain three-helix bundle / : / : / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, helical bundle domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, domain 5 / Glycosyl hydrolase 101, beta-sandwich domain / Galactose-binding domain-like / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, N-terminal / Galactose mutarotase-like fold domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase ...Designed single chain three-helix bundle / : / : / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, helical bundle domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, domain 5 / Glycosyl hydrolase 101, beta-sandwich domain / Galactose-binding domain-like / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, N-terminal / Galactose mutarotase-like fold domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / Carboxypeptidase regulatory-like domain / Glycosyl hydrolase 101 beta sandwich domain / Galactose-binding domain-like / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase N-terminal domain / Galactose mutarotase-like fold domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / FIVAR domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose-binding domain-like / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / グリコシダーゼ / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Suzuki, R. / Katayama, T. / Ashida, H. / Yamamoto, K. / Kitaoka, M. / Fushinobu, S.
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2009
タイトル: Crystallographic and mutational analyses of substrate recognition of endo-{alpha}-N-acetylgalactosaminidase from Bifidobacterium longum.
著者: Suzuki, R. / Katayama, T. / Kitaoka, M. / Kumagai, H. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Ashida, H. / Yamamoto, K. / Fushinobu, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Identification and molecular cloning of a novel glycoside hydrolase family of core 1 type O-glycan-specific endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase from Bifidobacterium longum.
著者: Fujita, K. / Oura, F. / Nagamine, N. / Katayama, T. / Hiratake, J. / Sakata, K. / Kumagai, H. / Yamamoto, K.
履歴
登録2009年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,3698
ポリマ－149,7951
非ポリマー5747
水25,2751403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.267, 192.267, 123.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase


分子量: 149794.797 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 340-1694 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
株: JCM1217 / 遺伝子: engBF / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q3T552, endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE GLY1123SER MUTATION IS AN UNINTENDED MUTATION DUE TO PCR-ERROR INTRODUCED DURING THE CLONING PROCESS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.1M MES-NaOH, 3% PEG 20000, 25% MPD, 0.2M NaCl, 0.01M MnCl2, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.96787, 0.97923, 0.97939, 0.96416
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月17日
放射モノクロメーター: triangular silicon (111) crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.967871
20.979231
30.979391
40.964161
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 174089 / Num. obs: 172447 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 17314 / Rsym value: 0.467 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→36.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.353 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19564 8598 5 %RANDOM
Rwork0.17203 ---
obs0.17324 163203 98.71 %-
all-172447 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.743 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.101 Å0.103 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9070 0 4 1427 10501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0229271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.93112571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65551176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21625.518444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.409151518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3751534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.24485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.26341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.21263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8421.55950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36229274
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1433881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2854.53297
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 637 -
Rwork0.21 12104 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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