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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yxp | ||||||
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タイトル | The Effect of Deuteration on Protein Structure A High Resolution Comparison of Hydrogenous and Perdeuterated Haloalkane Dehalogenase | ||||||
要素 | Haloalkane dehalogenase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / protein deuteration / haloalkane dehalogenase / high resolution structure / catalytic mechanism (酵素反応) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / rigid body refinement / 解像度: 1.53 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X. / Hanson, L. / Langan, P. / Viola, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007 タイトル: The effect of deuteration on protein structure: a high-resolution comparison of hydrogenous and perdeuterated haloalkane dehalogenase. 著者: Liu, X. / Hanson, B.L. / Langan, P. / Viola, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yxp.cif.gz | 82.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yxp.ent.gz | 61.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yxp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/2yxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/2yxp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35175.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) 株: GJ10 / 遺伝子: dhlA / プラスミド: pCH109 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.4M ammonium sulfate, 0.1M MES,, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年9月13日 |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→37.62 Å / Num. obs: 36268 / % possible obs: 0.99 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 6.12 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.59 Å / 冗長度: 2.05 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1996 / Rsym value: 0.257 / % possible all: 0.48 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: rigid body refinement / 解像度: 1.53→37.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.584 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3.1 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.281 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→37.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
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