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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ykr | ||||||
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タイトル | 30S ribosomal subunit with RsgA bound in the presence of GMPPNP | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME/HYDROLASE / RIBOSOME-HYDROLASE COMPLEX / RIBOSOME BIOGENESIS (リボソーム生合成) / YJEQ / CIRCULARLY PERMUTATED GTPASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation ...guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / GDP binding / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, Q. / Yuan, Y. / Xu, Y. / Feng, B. / Liu, L. / Chen, K. / Lei, J. / Gao, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011 タイトル: Structural basis for the function of a small GTPase RsgA on the 30S ribosomal subunit maturation revealed by cryoelectron microscopy. 著者: Qiang Guo / Yi Yuan / Yanji Xu / Boya Feng / Liang Liu / Kai Chen / Ming Sun / Zhixiu Yang / Jianlin Lei / Ning Gao / 要旨: The bacterial RsgA, a circularly permutated GTPase, whose GTPase activity is dependent on the 30S ribosomal subunit, is a late-stage ribosome biogenesis factor involved in the 30S subunit maturation. ...The bacterial RsgA, a circularly permutated GTPase, whose GTPase activity is dependent on the 30S ribosomal subunit, is a late-stage ribosome biogenesis factor involved in the 30S subunit maturation. The role of RsgA is to release another 30S biogenesis factor, RbfA, from the mature 30S subunit in a GTP-dependent manner. Using cryoelectron microscopy, we have determined the structure of the 30S subunit bound with RsgA in the presence of GMPPNP at subnanometer resolution. In the structure, RsgA binds to the central part of the 30S subunit, close to the decoding center, in a position that is incompatible with multiple biogenesis factors, all three translation initiation factors, as well as A-, P-site tRNAs and the 50S subunit. Further structural analysis not only provides a structural model for the RsgA-dependent release of RbfA from the nascent 30S subunit, but also indicates RsgA's role in the ribosomal protein assembly, to promote some tertiary binding protein incorporation. Moreover, together with available biochemical and genetic data, our results suggest that RsgA might be a general checkpoint protein in the late stage of the 30S subunit biogenesis, whose function is not only to release biogenesis factors (e.g., RbfA) from the nascent 30S subunit, but also to block the association of initiation factors to the premature 30S subunit. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 2ykr.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ykr.ent.gz | 914.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ykr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/2ykr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/2ykr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: タンパク質 | 分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 9-226 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: B7NID0, UniProt: P0A7V0*PLUS |
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#3: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-207 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: A1AGK2, UniProt: P0A7V3*PLUS |
#4: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-206 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: A1AGI7, UniProt: P0A7V8*PLUS |
#5: タンパク質 | 分子量: 15804.282 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 10-159 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: D6JG86, UniProt: P0A7W1*PLUS |
#6: タンパク質 | 分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1-100 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: B6I2A6, UniProt: P02358*PLUS |
#7: タンパク質 | 分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-152 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: E3XT25, UniProt: P02359*PLUS |
#8: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-130 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: B6I220, UniProt: P0A7W7*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 4-130 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: Q0TCN6, UniProt: P0A7X3*PLUS |
#10: タンパク質 | 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 5-102 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: A7ZSL0, UniProt: P0A7R5*PLUS |
#11: タンパク質 | 分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 13-129 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: B7M103, UniProt: P0A7R9*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-124 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: P0A7S4, UniProt: P0A7S3*PLUS |
#13: タンパク質 | 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-115 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: A1AGI9, UniProt: P0A7S9*PLUS |
#14: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-101 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: B7M1M1, UniProt: P0AG59*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-89 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: B3HGB0, UniProt: P0ADZ4*PLUS |
#16: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: B7N6J5, UniProt: P0A7T3*PLUS |
#17: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 4-83 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: P0AG65, UniProt: P0AG63*PLUS |
#18: タンパク質 | 分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 20-74 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: E3PE70, UniProt: P0A7T7*PLUS |
#19: タンパク質 | 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 3-81 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: B6I230, UniProt: P0A7U3*PLUS |
#20: タンパク質 | 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 3-87 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: B7L4E5, UniProt: P0A7U7*PLUS |
#21: タンパク質 | 分子量: 6067.081 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 4-54 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: UniProt: B1LF57, UniProt: P68679*PLUS |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AW
#1: RNA鎖 | 分子量: 496892.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 参照: GenBank: 54791136 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 39233.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: E3PE32, UniProt: P39286*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 30S RIBOSOMAL SUBUNIT WITH RSGA BOUND IN THE PRESENCE OF GMPPNPリボソーム タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: OTHER |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3850 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SPIDER / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: MAPS FROM EACH DEFOCUS GROUP | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: REFERENCE BASED / 解像度: 9.8 Å / 粒子像の数: 77483 / ピクセルサイズ(公称値): 2.9 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.9 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD -1884. (DEPOSITION ID: 7882). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--MDFF REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | ||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 9.8 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 9.8 Å
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