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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yhx | |||||||||
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タイトル | SEQUENCING A PROTEIN BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. II. REFINEMENT OF YEAST HEXOKINASE B CO-ORDINATES AND SEQUENCE AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
要素 | HEXOKINASE B | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE(PHOSPHORYL / ALCOHOL ACCEPTOR) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose import across plasma membrane / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / regulation of transcription by glucose / hexokinase activity / 解糖系 / mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity ...fructose import across plasma membrane / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / regulation of transcription by glucose / hexokinase activity / 解糖系 / mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / mannose metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / glucose binding / fructose metabolic process / regulation of cell size / glucose import / intracellular glucose homeostasis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / Neutrophil degranulation / ミトコンドリア / glycolytic process / glucose metabolic process / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Steitz, T.A. / Anderson, C.M. / Stenkamp, R.E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978 タイトル: Sequencing a protein by x-ray crystallography. II. Refinement of yeast hexokinase B co-ordinates and sequence at 2.1 A resolution. 著者: Anderson, C.M. / Stenkamp, R.E. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978 タイトル: Sequencing a Protein by X-Ray Crystallography. I. Interpretation of Yeast Hexokinase B at 2.5 Angstroms Resolution by Model Building 著者: Anderson, C.M. / Mcdonald, R.C. / Steitz, T.A. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978 タイトル: A Refined Model of the Sugar Binding Site of Yeast Hexokinase B 著者: Anderson, C.M. / Stenkamp, R.E. / Mcdonald, R.C. / Steitz, T.A. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1977 タイトル: High Resolution Crystal Structures of Yeast Hexokinase Complexes with Substrates, Activators, and Inhibitors. Evidence for an Allosteric Control Site 著者: Steitz, T.A. / Anderson, W.F. / Fletterick, R.J. / Anderson, C.M. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: High Resolution X-Ray Structure of Yeast Hexokinase, an Allosteric Protein Exhibiting a Non-Symmetric Arrangement of Subunits 著者: Steitz, T.A. / Fletterick, R.J. / Anderson, W.F. / Anderson, C.M. #5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1975 タイトル: The Structure of a Yeast Hexokinase Monomer and its Complexes with Substrates at 2.7-Angstroms Resolution 著者: Fletterick, R.J. / Bates, D.J. / Steitz, T.A. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975 タイトル: Structure of Yeast Hexokinase. Iv. Low-Resolution Structure of Enzyme-Substrate Complexes Revealing Negative Co-Operativity and Allosteric Interactions 著者: Anderson, W.F. / Steitz, T.A. #7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974 タイトル: Structure of Yeast Hexokinase. III. Low Resolution Structure of a Second Crystal Form Showing a Different Quaternary Structure, Heterologous Interaction of Subunits and Substrate Binding 著者: Anderson, W.F. / Fletterick, R.J. / Steitz, T.A. #8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1973 タイトル: Structure of Yeast Hexokinase. II. A 6 Angstroms Resolution Electron Density Map Showing Molecular Shape and Heterologous Interaction of Subunits 著者: Steitz, T.A. / Fletterick, R.J. / Hwang, K.J. #9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1971 タイトル: Structure of Yeast Hexokinase-B. I. Preliminary X-Ray Studies and Subunit Structure 著者: Steitz, T.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yhx.cif.gz | 84.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yhx.ent.gz | 60.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yhx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yhx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yhx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE DENOTED *GAM* BY DEPOSITOR. / 2: RESIDUE DENOTED *DEL* BY DEPOSITOR. / 3: RESIDUE DENOTED *EPS* BY DEPOSITOR. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45851.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P04807*PLUS, ヘキソキナーゼ |
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#2: 糖 | ChemComp-OTG / |
構成要素の詳細 | THIS CRYSTALLINE MODIFICATION CONTAINS ONE MONOMER PER ASYMMETRIC UNIT AND IS DESIGNATED B III. ...THIS CRYSTALLIN |
非ポリマーの詳細 | THE COORDINATES OF O-TOLUOYLGLUCOSAMINE (OTG), A COMPETITIVE INHIBITOR OF GLUCOSE BINDING, WERE ...THE COORDINATE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: microdialysis / 詳細: took from Anderson et al., from original paper | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2.1 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.25 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25 Å2 | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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