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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yce | |||||||||
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タイトル | Structure of an Archaeal fructose-1,6-bisphosphate aldolase with the catalytic Lys covalently bound to the carbinolamine intermediate of the substrate. | |||||||||
要素 | FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS 1 | |||||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / GLYCOLYSIS (解糖系) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | THERMOPROTEUS TENAX (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Lorentzen, E. / Siebers, B. / Hensel, R. / Pohl, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Mechanism of the Schiff Base Forming Fructose-1,6-Bisphosphate Aldolase: Structural Analysis of Reaction Intermediates. 著者: Lorentzen, E. / Siebers, B. / Hensel, R. / Pohl, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yce.cif.gz | 974.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yce.ent.gz | 818.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yce.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/2yce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/2yce | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28741.064 Da / 分子数: 10 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: K177 COVALENTLY LINKED TO THE CARBINOLAMINE FORM OF THE SUBSTRATE FBP 由来: (組換発現) THERMOPROTEUS TENAX (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P58315, fructose-bisphosphate aldolase #2: 化合物 | ChemComp-M2P / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 146 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 173 TO SER ...ENGINEERED | 非ポリマーの詳細 | M2P: THE SUBSTRATE FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE IS COVALENTLY LINKED TO THE CATALYTIC LYSINE AS A ...M2P: THE SUBSTRATE FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHA | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: SOLVED BY RIGID BODY REFINEMENT OF 1OJX. |
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結晶化 | pH: 5 詳細: 9% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NAACETATE PH 5.0, 1-8% GLYCEROL, 100 MM FBP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.812 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.812 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→40 Å / Num. obs: 179009 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.02 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 77.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OJX 解像度: 1.93→39.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.061 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→39.8 Å
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拘束条件 |
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