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万見
- PDB-2y9j: THREE-DIMENSIONAL MODEL OF SALMONELLA'S NEEDLE COMPLEX AT SUBNANO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y9j
タイトルTHREE-DIMENSIONAL MODEL OF SALMONELLA'S NEEDLE COMPLEX AT SUBNANOMETER RESOLUTION
要素
  • LIPOPROTEIN PRGK
  • PROTEIN PRGH
キーワードPROTEIN TRANSPORT / TYPE III SECRETION / IR1 / INNER MEMBRANE RING / C24-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / cell outer membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein PrgH / Lipoprotein PrgK
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Schraidt, O. / Marlovits, T.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Three-dimensional model of Salmonella's needle complex at subnanometer resolution.
著者: Oliver Schraidt / Thomas C Marlovits /
要旨: Type III secretion systems (T3SSs) are essential virulence factors used by many Gram-negative bacteria to inject proteins that make eukaryotic host cells accessible to invasion. The T3SS core ...Type III secretion systems (T3SSs) are essential virulence factors used by many Gram-negative bacteria to inject proteins that make eukaryotic host cells accessible to invasion. The T3SS core structure, the needle complex (NC), is a ~3.5 megadalton-sized, oligomeric, membrane-embedded complex. Analyzing cryo-electron microscopy images of top views of NCs or NC substructures from Salmonella typhimurium revealed a 24-fold symmetry for the inner rings and a 15-fold symmetry for the outer rings, giving an overall C3 symmetry. Local refinement and averaging showed the organization of the central core and allowed us to reconstruct a subnanometer composite structure of the NC, which together with confident docking of atomic structures reveal insights into its overall organization and structural requirements during assembly.
履歴
登録2011年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年4月19日Group: Other
改定 1.42017年8月30日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_image_scans / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.52019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1874
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN PRGH
B: PROTEIN PRGH
C: PROTEIN PRGH
D: PROTEIN PRGH
E: PROTEIN PRGH
F: PROTEIN PRGH
G: PROTEIN PRGH
H: PROTEIN PRGH
I: PROTEIN PRGH
J: PROTEIN PRGH
K: PROTEIN PRGH
L: PROTEIN PRGH
M: PROTEIN PRGH
N: PROTEIN PRGH
O: PROTEIN PRGH
P: PROTEIN PRGH
Q: PROTEIN PRGH
R: PROTEIN PRGH
S: PROTEIN PRGH
T: PROTEIN PRGH
U: PROTEIN PRGH
V: PROTEIN PRGH
W: PROTEIN PRGH
X: PROTEIN PRGH
Y: LIPOPROTEIN PRGK
Z: LIPOPROTEIN PRGK
a: LIPOPROTEIN PRGK
b: LIPOPROTEIN PRGK
c: LIPOPROTEIN PRGK
d: LIPOPROTEIN PRGK
e: LIPOPROTEIN PRGK
f: LIPOPROTEIN PRGK
g: LIPOPROTEIN PRGK
h: LIPOPROTEIN PRGK
i: LIPOPROTEIN PRGK
j: LIPOPROTEIN PRGK
k: LIPOPROTEIN PRGK
l: LIPOPROTEIN PRGK
m: LIPOPROTEIN PRGK
n: LIPOPROTEIN PRGK
o: LIPOPROTEIN PRGK
p: LIPOPROTEIN PRGK
q: LIPOPROTEIN PRGK
r: LIPOPROTEIN PRGK
s: LIPOPROTEIN PRGK
t: LIPOPROTEIN PRGK
u: LIPOPROTEIN PRGK
v: LIPOPROTEIN PRGK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)980,52848
ポリマ－980,52848
非ポリマー00
水28,5361584
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
PROTEIN PRGH


分子量: 21839.814 Da / 分子数: 24 / 断片: PERIPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 177-362 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41783
#2: タンパク質 ...
LIPOPROTEIN PRGK / PROTEIN PRGK


分子量: 19015.523 Da / 分子数: 24 / 断片: PERIPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 21-190 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41786
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: INNER MEMBRANE RING 1 / タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10mM Tris-HCl, 0.5M NaCl, 0.1% LDAO
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
詳細: MAGNIFICATION AT THE CCD 112969, CAMERA PIXEL 15UM, 1.33 ANGSTROM PER PIXEL, DATA COLLECTED SEMI- AUTOMATICALLY WITH POINT-2-POINT (DEVELOPED IN-HOUSE)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 93000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2IMAGIC３次元再構成
CTF補正詳細: EACH MICROGRAPH
対称性点対称性: C24 (24回回転対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ピクセルサイズ（実測値）: 1.33 Å
詳細: RESOLUTION 6.4 ANGSTROM (0.5 FSC), 4.7 ANGSTROM (HALF BIT) PRGH (3GR1) MONOMERS WERE FITTED SEPARATELY, PRGK MODEL WAS BUILT BASED ON HOMOLOGY MODEL OF ESCJ (1YJ7) AND THEN INDIVIDUALLY ...詳細: RESOLUTION 6.4 ANGSTROM (0.5 FSC), 4.7 ANGSTROM (HALF BIT) PRGH (3GR1) MONOMERS WERE FITTED SEPARATELY, PRGK MODEL WAS BUILT BASED ON HOMOLOGY MODEL OF ESCJ (1YJ7) AND THEN INDIVIDUALLY FITTED INTO EM MAP. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1874. (DEPOSITION ID: 7821).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--CORRELATION
原子モデル構築PDB-ID: 2Y9J
精密化最高解像度: 6.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数69120 0 0 1584 70704

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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