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- PDB-2xxg: STRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xxg
タイトルSTRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS
要素DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / ペリプラズム / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ACHROMOBACTER XYLOSOXIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hough, M.A. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Identification of the Proton Channel to the Active Site Type 2 Cu Centre of Nitrite Reductase: Structural and Enzymatic Properties of the His254Phe and Asn90Ser Mutants
著者: Hough, M.A. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Proton-Coupled Electron Transfer in the Catalytic Cycle of Alcaligenes Xylosoxidans Copper-Dependent Nitrite Reductase.
著者: Leferink, N.G.H. / Han, C. / Antonyuk, S.V. / Heyes, D.J. / Rigby, S.E.J. / Hough, M.A. / Eady, R.R. / Scrutton, N.S. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2010年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2011年5月18日ID: 2JL0
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年3月11日Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
C: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,16320
ポリマ－73,0532
非ポリマー2,11018
水11,692649
1
A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,74430
ポリマ－109,5793
非ポリマー3,16527
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area19510 Å2
ΔGint-185.5 kcal/mol
Surface area34680 Å2
手法PISA
2
C: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

C: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

C: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,74430
ポリマ－109,5793
非ポリマー3,16527
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+y+1,-x-1,z1
crystal symmetry operation2_435-y-1,x-y-2,z1
Buried area18910 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area33420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.552, 89.552, 287.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2029-

HOH

21A-2040-

HOH

31A-2045-

HOH

41A-2129-

HOH

51A-2327-

HOH

61C-2041-

HOH

71C-2070-

HOH

81C-2251-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE / NITRITE REDUCTASE / NIR


分子量: 36526.473 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACHROMOBACTER XYLOSOXIDANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68601

-
非ポリマー , 6種, 667分子

#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 114 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASN 114 TO SER
非ポリマーの詳細PYROGLUTAMIC ACID (PCA): MODIFIED N-TERMINAL RESIDUE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.1 Å / Num. obs: 106504 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 60.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OE1

1oe1


解像度: 1.6→29.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21074 5333 5 %RANDOM
Rwork0.1675 ---
obs0.1696 101170 93.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.175 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20.1 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5084 0 110 649 5843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8361.9677345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.21938893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3215687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8624.389221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33615817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8841520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2130.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4141.53361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4671.51373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10925431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.27232031
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6554.51906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.86439025
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 225 -
Rwork0.322 4627 -
obs--58.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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