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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xer | ||||||
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タイトル | Human PatL1 C-terminal domain (loop variant with sulfates) | ||||||
要素 | PAT1 HOMOLOG 1 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / MRNA DECAPPING / P-BODIES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 poly(G) binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / poly(U) RNA binding / P-body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / PML body / nuclear speck / RNA binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Tritschler, F. / Weichenrieder, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2010 タイトル: The C-Terminal Alpha-Alpha Superhelix of Pat is Required for Mrna Decapping in Metazoa. 著者: Braun, J.E. / Tritschler, F. / Haas, G. / Igreja, C. / Truffault, V. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xer.cif.gz | 147 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xer.ent.gz | 117.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xer.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/2xer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/2xer | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28432.215 Da / 分子数: 3 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 517-767 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / プラスミド: MODIFIED PRSFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q86TB9 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 664 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 664 TO GLY ...ENGINEERED | 配列の詳細 | THE FIRST 5 AMINO ACIDS GPQDP RESULT FROM THE 5' CLONING SITE. RESIDUES 664-673 (QSAATPALSN) HAVE ...THE FIRST 5 AMINO ACIDS GPQDP RESULT FROM THE 5' CLONING SITE. RESIDUES 664-673 (QSAATPALSN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS, PH 8.5, 1.15 M AMMONIUM SULFATE, 0.15 M LITHIUM SULFATE, 8% GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年9月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→47.2 Å / Num. obs: 18701 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 42.86 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.03 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XES 解像度: 2.95→47.189 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: RESIDUES 512-516 AND 573-577 AND 704-708 AND 767 OF CHAIN A ARE DISORDERED. RESIDUES 512- -516 AND 573-577 AND 701-710 AND 767 OF CHAIN B ARE DISORDERED. RESIDUES 512-514 AND 574-577 AND 701- ...詳細: RESIDUES 512-516 AND 573-577 AND 704-708 AND 767 OF CHAIN A ARE DISORDERED. RESIDUES 512- -516 AND 573-577 AND 701-710 AND 767 OF CHAIN B ARE DISORDERED. RESIDUES 512-514 AND 574-577 AND 701-709 AND 765-767 OF CHAIN C ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.225 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→47.189 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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