+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xeq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human PatL1 C-terminal domain | ||||||
要素 | PAT1 HOMOLOG 1, | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / MRNA DECAPPING / P-BODIES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 poly(G) binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / poly(U) RNA binding / P-body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / PML body / nuclear speck / RNA binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Tritschler, F. / Weichenrieder, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2010 タイトル: The C-Terminal Alpha-Alpha Superhelix of Pat is Required for Mrna Decapping in Metazoa. 著者: Braun, J.E. / Tritschler, F. / Haas, G. / Igreja, C. / Truffault, V. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xeq.cif.gz | 198.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2xeq.ent.gz | 161.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xeq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/2xeq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/2xeq | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29604.238 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 517-767 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / プラスミド: MODIFIED PRSFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q86TB9 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE FIRST 5 AMINO ACIDS GPQDP RESULT FROM THE 5' CLONING SITE. | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 7.8 詳細: 0.1 M BIS-TRIS-PROPANE, PH 7.8, 10% PEG3350, 0.2 M NA3-CITRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9794 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→43.9 Å / Num. obs: 22432 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 70.18 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.88 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XES 解像度: 3.1→43.919 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 28.04 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: RESIDUES 512-514 AND 573-576 AND 704-711 AND 766-767 OF CHAIN A ARE DISORDERED. RESIDUES 512-514 AND 573-577 AND 703-710 AND 766-767 OF CHAIN B ARE DISORDERED. RESIDUES 512-514 AND 574-577 ...詳細: RESIDUES 512-514 AND 573-576 AND 704-711 AND 766-767 OF CHAIN A ARE DISORDERED. RESIDUES 512-514 AND 573-577 AND 703-710 AND 766-767 OF CHAIN B ARE DISORDERED. RESIDUES 512-514 AND 574-577 AND 704-711 AND 766-767 OF CHAIN C ARE DISORDERED. RESIDUES 512-515 AND 663-670 AND 704-710 AND 766-767 OF CHAIN D ARE DISORDERED.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.788 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→43.919 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|