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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x9c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a soluble PrgI mutant from Salmonella Typhimurium | ||||||
要素 | PROTEIN PRGI | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / NEEDLE PROTOMER / BACTERIAL PATHOGENESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / 細胞膜 / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Poyraz, O. / Schmidt, H. / Seidel, K. / Delissen, F. / Ader, C. / Tenenboim, H. / Goosmann, C. / Laube, B. / Thuenemann, A.F. / Zychlinsky, A. ...Poyraz, O. / Schmidt, H. / Seidel, K. / Delissen, F. / Ader, C. / Tenenboim, H. / Goosmann, C. / Laube, B. / Thuenemann, A.F. / Zychlinsky, A. / Baldus, M. / Lange, A. / Griesinger, C. / Kolbe, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Protein Refolding is Required for Assembly of the Type Three Secretion Needle 著者: Poyraz, O. / Schmidt, H. / Seidel, K. / Delissen, F. / Ader, C. / Tenenboim, H. / Goosmann, C. / Laube, B. / Thuenemann, A.F. / Zychlinsky, A. / Baldus, M. / Lange, A. / Griesinger, C. / Kolbe, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2x9c.cif.gz | 36.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2x9c.ent.gz | 24.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2x9c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/2x9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/2x9c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9934, -0.09595, 0.06291), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9091.037 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌) 株: SL1344 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P41784 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 65 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 67 TO ALA ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 % 解説: DATA DETWINNED USING CNS WITH TWIN FRACTION 0.18 AND TWIN OPERATOR K,H,-L |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: RESERVOIR SOLUTION 0.15 MM NAH2PO4. SAMPLE BUFFER 20 MM HEPES (PH 7.5) 50 MM NACL. HANGING DROP WITH 1 UL SAMPLE AND 1 UL RESERVOIR SOLUTION. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月13日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 11435 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 63.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.83 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CA5 解像度: 2.45→38.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 2660057.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: CHAIN A RESIDUES 1-18 AND 80 ARE DISORDERED. CHAIN B RESIDUES 1-17 ARE DISORDERED. N-TERMINAL RESIDUES GLY-SER-HIS REMAINING FROM THROMBIN CLEAVAGE SITE ARE DISORDERED IN CHAINS A AND B. THE ...詳細: CHAIN A RESIDUES 1-18 AND 80 ARE DISORDERED. CHAIN B RESIDUES 1-17 ARE DISORDERED. N-TERMINAL RESIDUES GLY-SER-HIS REMAINING FROM THROMBIN CLEAVAGE SITE ARE DISORDERED IN CHAINS A AND B. THE STRUCTURE WAS REFINED AT LOWER RESOLUTION (2.45 A) THAN THE COLLECTED DATASET (2.25 A) BECAUSE OF THE POOR MERGING STATISTICS AT HIGH RESOLUTION.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 79.6715 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 81.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→38.13 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.071 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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