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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wzx | ||||||
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タイトル | AMP-C BETA-LACTAMASE (PSEUDOMONAS AERUGINOSA)IN COMPLEX WITH compound M-02 | ||||||
要素 | BETA-LACTAMASEΒ-ラクタマーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Fitzgerald, P.M.D. / Sharma, N. / Lu, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010 タイトル: Side Chain Sar of Bicyclic Beta-Lactamase Inhibitors (Blis). 1. Discovery of a Class C Bli for Combination with Imipinem. 著者: Blizzard, T.A. / Chen, H. / Kim, S. / Wu, J. / Young, K. / Park, Y. / Ogawa, A. / Raghoobar, S. / Painter, R.E. / Hairston, N. / Lee, S.H. / Misura, A. / Felcetto, T. / Fitzgerald, P.M.D. / ...著者: Blizzard, T.A. / Chen, H. / Kim, S. / Wu, J. / Young, K. / Park, Y. / Ogawa, A. / Raghoobar, S. / Painter, R.E. / Hairston, N. / Lee, S.H. / Misura, A. / Felcetto, T. / Fitzgerald, P.M.D. / Sharma, N. / Lu, J. / Ha, S. / Hickey, E. / Hermes, J. / Hammond, M.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wzx.cif.gz | 86 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wzx.ent.gz | 67.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wzx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/2wzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/2wzx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40723.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P24735, Β-ラクタマーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZX0 / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 65910 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 69.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→59.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 0.904 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.646 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→59.62 Å
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拘束条件 |
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