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- PDB-2wkq: Structure of a photoactivatable Rac1 containing the Lov2 C450A Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wkq
タイトルStructure of a photoactivatable Rac1 containing the Lov2 C450A Mutant
要素NPH1-1, RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / CELL ADHESION (細胞接着) / NUCLEOTIDE-BINDING / PROTEIN ENGINEERING (タンパク質工学) / RAS SUPERFAMILY LOV2 / PHOTOTROPIN1 / PROTEIN DESIGN (タンパク質設計) / SMALL G-PROTEIN (低分子量GTPアーゼ) / LIGHT- INDUCED SIGNAL TRANSDUCTION / LOV2 / GTPASE (GTPアーゼ) / RHO FAMILY (RhoファミリーGタンパク質) / ATP-BINDING / CHIMERA / NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN ENGINEERING / LIGHT-INDUCED SIGNAL TRANSDUCTION / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / CELL MEMBRANE (細胞膜) / ADP-RIBOSYLATION (ADPリボース化) / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / GTP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / blue light photoreceptor activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly ...regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / blue light photoreceptor activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / respiratory burst / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / cell projection assembly / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / PCP/CE pathway / motor neuron axon guidance / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of cell size / DSCAM interactions / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / localization / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / actin filament polymerization / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / positive regulation of endothelial cell migration / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / actin filament organization / 運動性 / RHO GTPases Activate Formins / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / neuron migration / MAPK6/MAPK4 signaling / ゴルジ体 / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / response to wounding / recycling endosome membrane / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer
類似検索 - 分子機能
PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAS domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / PAS domain ...PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAS domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / PAS domain superfamily / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンモノヌクレオチド / グアノシン三リン酸 / non-specific serine/threonine protein kinase / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種AVENA SATIVA (エンバク)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wu, Y.I. / Frey, D. / Lungu, O.I. / Jaehrig, A. / Schlichting, I. / Kuhlman, B. / Hahn, K.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: A Genetically Encoded Photoactivatable Rac Controls the Motility of Living Cells.
著者: Wu, Y.I. / Frey, D. / Lungu, O.I. / Jaehrig, A. / Schlichting, I. / Kuhlman, B. / Hahn, K.M.
履歴
登録2009年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NPH1-1, RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8059
ポリマ－37,5711
非ポリマー1,2348
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.638, 112.638, 69.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NPH1-1, RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 / P21-RAC1 / RAS-LIKE PROTEIN TC25 / CELL MIGRATION-INDUCING GENE 5 PROTEIN


分子量: 37570.918 Da / 分子数: 1
断片: NPH1-1 RESIDUES 404-546 AND P21-RAC1, RESIDUES 4-180
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AVENA SATIVA (エンバク), (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10 GOLD / 参照: UniProt: O49003, UniProt: P63000

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非ポリマー , 6種, 405分子

#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 450 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 61 TO LEU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 450 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 61 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 91 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 92 TO HIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM POTASSIUM CHLORIDE, 5% (W/V) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001
検出器タイプ: MARRESEARCH MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月26日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 66895 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 18.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1MH1, 2VOU

1mh1

2vou


解像度: 1.6→39.887 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1865 3310 4.9 %
Rwork0.1686 --
obs0.1695 66891 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.895 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9567 Å20 Å2-0 Å2
2--1.9567 Å20 Å2
3----3.9133 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2517 0 75 397 2989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3113755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2171049
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62290.20441380.19232636X-RAY DIFFRACTION99
1.6229-1.64710.20761380.18082612X-RAY DIFFRACTION100
1.6471-1.67280.21921380.17832623X-RAY DIFFRACTION100
1.6728-1.70030.20071370.18172614X-RAY DIFFRACTION99
1.7003-1.72960.20111400.17142652X-RAY DIFFRACTION100
1.7296-1.7610.21951350.17712597X-RAY DIFFRACTION100
1.761-1.79490.21861340.16912612X-RAY DIFFRACTION100
1.7949-1.83150.181340.16922632X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.87140.20061350.16862634X-RAY DIFFRACTION100
1.8714-1.91490.21311360.17672665X-RAY DIFFRACTION100
1.9149-1.96280.18851350.16682603X-RAY DIFFRACTION100
1.9628-2.01580.19211360.16332640X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.07520.1771370.16322646X-RAY DIFFRACTION100
2.0752-2.14210.19781360.16542632X-RAY DIFFRACTION100
2.1421-2.21870.24061370.16492644X-RAY DIFFRACTION100
2.2187-2.30750.18991380.16482655X-RAY DIFFRACTION100
2.3075-2.41250.16791390.16562660X-RAY DIFFRACTION100
2.4125-2.53970.20321380.16442642X-RAY DIFFRACTION100
2.5397-2.69880.19951380.17192662X-RAY DIFFRACTION100
2.6988-2.90710.18641390.17492652X-RAY DIFFRACTION100
2.9071-3.19950.17641410.172681X-RAY DIFFRACTION100
3.1995-3.66220.15831410.15642679X-RAY DIFFRACTION100
3.6622-4.6130.15191430.14772713X-RAY DIFFRACTION100
4.613-39.89910.17791470.16862795X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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