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- PDB-2wb1: The complete structure of the archaeal 13-subunit DNA-directed RN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wb1
タイトルThe complete structure of the archaeal 13-subunit DNA-directed RNA Polymerase
要素
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE ...ポリメラーゼ) x 12
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASERPO3 SUBUNIT
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA-POLYMERASE / MULTI-SUBUNIT ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / nucleotidyltransferase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / nucleic acid binding / protein dimerization activity / molecular adaptor activity ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / nucleotidyltransferase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / nucleic acid binding / protein dimerization activity / molecular adaptor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1950 / Immunoglobulin-like - #2940 / Dihydrolipoamide Transferase - #40 / Helix Hairpins - #930 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2940 / N-terminal domain of TfIIb - #80 / DNA polymerase; domain 1 - #390 / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1950 / Immunoglobulin-like - #2940 / Dihydrolipoamide Transferase - #40 / Helix Hairpins - #930 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2940 / N-terminal domain of TfIIb - #80 / DNA polymerase; domain 1 - #390 / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / Dihydrolipoamide Transferase / HRDC domain / RNAポリメラーゼII / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / N-terminal domain of TfIIb / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Other non-globular / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Rubrerythrin, domain 2 / Helix Hairpins / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Gyrase A; domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / HRDC-like superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Homeodomain-like / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Beta Complex / Helix non-globular / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 ...FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo13
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Korkhin, Y. / Unligil, U.M. / Littlefield, O. / Nelson, P.J. / Stuart, D.I. / Sigler, P.B. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009
タイトル: Evolution of Complex RNA Polymerase: The Complete Archaeal RNA Polymerase Structure
著者: Korkhin, Y. / Unligil, U.M. / Littlefield, O. / Nelson, P.J. / Stuart, D.I. / Sigler, P.B. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A.
履歴
登録2009年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1N SUBUNIT
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO2 SUBUNIT
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1C SUBUNIT
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASERPO3 SUBUNIT
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO7 SUBUNIT
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO4 SUBUNIT
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO8 SUBUNIT
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO5 SUBUNIT
I: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO6 SUBUNIT
J: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO13 SUBUNIT
K: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO6 SUBUNIT
L: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO11 SUBUNIT
M: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO11 SUBUNIT
N: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO10 SUBUNIT
O: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO10 SUBUNIT
P: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO12 SUBUNIT
Q: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO13 SUBUNIT
R: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO2 SUBUNIT
S: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASERPO3 SUBUNIT
T: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO7 SUBUNIT
U: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO4 SUBUNIT
V: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO8 SUBUNIT
W: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1N SUBUNIT
X: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO12 SUBUNIT
Y: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1C SUBUNIT
Z: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO5 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)812,67140
ポリマ－811,37726
非ポリマー1,29414
水0
1
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1N SUBUNIT
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO2 SUBUNIT
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1C SUBUNIT
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASERPO3 SUBUNIT
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO7 SUBUNIT
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO4 SUBUNIT
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO8 SUBUNIT
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO5 SUBUNIT
K: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO6 SUBUNIT
L: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO11 SUBUNIT
N: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO10 SUBUNIT
P: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO12 SUBUNIT
Q: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO13 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,33620
ポリマ－405,68913
非ポリマー6477
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area87970 Å2
ΔGint-557.5 kcal/mol
Surface area230360 Å2
手法PQS
2
I: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO6 SUBUNIT
J: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO13 SUBUNIT
M: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO11 SUBUNIT
O: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO10 SUBUNIT
R: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO2 SUBUNIT
S: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASERPO3 SUBUNIT
T: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO7 SUBUNIT
U: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO4 SUBUNIT
V: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO8 SUBUNIT
W: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1N SUBUNIT
X: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO12 SUBUNIT
Y: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1C SUBUNIT
Z: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO5 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,33620
ポリマ－405,68913
非ポリマー6477
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area71930 Å2
ΔGint-508.8 kcal/mol
Surface area246870 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)196.095, 211.871, 238.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11W
21A
12Y
22C
13R
23B
14S
24D
15T
25E
16U
26F
17V
27G
18Z
28H
19I
29K
110M
210L
111O
211N
112X
212P
113J
213Q

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111W4 - 879
2111A4 - 879
1121Y11 - 394
2121C11 - 394
1131R8 - 1122
2131B8 - 1122
1141S2 - 264
2141D2 - 264
1151T1 - 177
2151E1 - 177
1161U3 - 92
2161F3 - 92
1171V5 - 117
2171G5 - 117
1181Z9 - 82
2181H9 - 82
1191I11 - 92
2191K11 - 92
11101M1 - 91
21101L1 - 91
11111O1 - 64
21111N1 - 64
11121X6 - 48
21121P6 - 48
11131J45 - 76
21131Q45 - 76

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99988, 0.0035, 0.01476), (-0.00349, -0.99999, 0.00064), (0.01476, 0.00059, 0.99989)
ベクター: 97.1297, 73.7005, -0.1261)

-
要素

-
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE ... , 12種, 24分子 AWBRCYETFUGVHZIKJQLMNOPX

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1N SUBUNIT


分子量: 99766.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB53*PLUS
#2: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO2 SUBUNIT


分子量: 127582.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB55*PLUS
#3: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1C SUBUNIT


分子量: 43779.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB54*PLUS
#5: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO7 SUBUNIT


分子量: 20324.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB57*PLUS
#6: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO4 SUBUNIT


分子量: 12822.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB58*PLUS
#7: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO8 SUBUNIT


分子量: 15139.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB59*PLUS
#8: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO5 SUBUNIT


分子量: 9688.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB60*PLUS
#9: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO6 SUBUNIT


分子量: 10799.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB61*PLUS
#10: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO13 SUBUNIT


分子量: 12170.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB65*PLUS
#11: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO11 SUBUNIT


分子量: 10211.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB62*PLUS
#12: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO10 SUBUNIT


分子量: 7617.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB63*PLUS
#13: タンパク質・ペプチド DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO12 SUBUNIT


分子量: 5606.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB64*PLUS

-
タンパク質 , 1種, 2分子 DS

#4: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASERPO3 SUBUNIT


分子量: 30179.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB56*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 14分子

#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 7MG/ML ENZYME, 150 MM KCL, 100MM SRCL2, 100MM CACODYLATE PH 6.5, 12% PEG MME 5K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.52→30.2 Å / Num. obs: 114084 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 3.52→3.62 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 62.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
MOLREP位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EN0

1en0
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.52→30.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / SU B: 157.017 / SU ML: 1.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.986 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE REFINEMENT FOR THIS ENTRY HAS NOT BEEN FINALIZED AND THEREFORE IT MUST BE CONSIDERED AS A WORK IN PROGRESS. SEE PDB ENTRY 2WAQ FOR FULLY ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE REFINEMENT FOR THIS ENTRY HAS NOT BEEN FINALIZED AND THEREFORE IT MUST BE CONSIDERED AS A WORK IN PROGRESS. SEE PDB ENTRY 2WAQ FOR FULLY REFINED MODEL. THE B FACTOR REFINEMENT HAS BEEN INITIALLY DONE BY DOMAIN IN CNS THEN OVERALL IN REFMAC. FOR MORE DETAILS SEE REFERENCE PAPER AND PDB ENTRY 2WAQ REFINED STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.384 5721 5 %RANDOM
Rwork0.333 ---
obs0.335 108172 92.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9 Å20 Å20 Å2
2---9.76 Å20 Å2
3---3.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→30.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数52713 0 26 0 52739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02253685
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.98272601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23156601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.44523.7532369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.707159951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.07315436
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.28285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0239716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.226518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.235593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.21517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11W66910.02
12A66910.02
21Y28330.02
22C28330.02
31R86520.03
32B86520.03
41S20710.02
42D20710.02
51T13850.02
52E13850.02
61U7020.01
62F7020.01
71V9020.02
72G9020.02
81Z6100.02
82H6100.02
91I6590.03
92K6590.03
101M7080.02
102L7080.02
111O5140.02
112N5140.02
121X3460.02
122P3460.02
131J2560.02
132Q2560.02
LS精密化 シェル解像度: 3.52→3.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 300 -
Rwork0.396 4777 -
obs--57.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73690.0747-0.11852.1080.03950.7895-0.0265-0.2955-0.08590.28220.08730.02390.00810.0138-0.0608-0.04760.0131-0.055-0.15130.0236-0.23226.651318.773365.6915
20.7246-0.2476-0.03080.9763-0.37321.0889-0.0521-0.28220.00860.2720.0264-0.5512-0.06380.38270.02570.18260.0046-0.13370.0103-0.14680.098431.321521.305180.0991
30.8140.1126-0.05561.9578-0.17710.8095-0.0896-0.2023-0.36440.10150.06030.0239-0.02390.04190.0293-0.0846-0.0408-0.037-0.17510.0491-0.10535.1948-13.022458.3518
40.46590.7510.11941.21090.16742.0348-0.10190.3018-0.0268-0.93860.1830.38030.1311-0.3328-0.08110.2373-0.1601-0.15130.03110.13970.07-6.192613.353213.8534
56.9070.4433-6.84392.0339-1.74019.46640.3276-0.47240.30381.09970.1073-0.0685-0.1217-0.711-0.4350.00010.0001-0.00030-0.00010.0002-38.640349.2722100.4601
68.58351.3629-5.4793.1892.71237.81430.5954-0.59121.25960.1358-0.19690.6003-0.20020.3541-0.39850.0001-0.000200.00010.00030.0001-35.074460.4281105.3319
76.17350.8384-2.05228.4973-2.79352.9113-0.52350.84390.3322-0.19020.5072-0.6781-0.31340.45870.0162-0.0001-0.00010-0.0001-0.0002034.376247.554922.9444
81.2882-0.65692.38536.74422.47046.5373-0.0333-0.66050.37090.94720.1063-0.4743-0.25590.8288-0.073-0.0002-0.00040.000400.0003-0.000125.899939.68290.3013
94.8579-2.16170.6053.3671-0.10110.6965-0.45120.27641.0720.47630.19020.5236-0.21630.54110.261-0.00120.0004-0.0010.0002-0.00060.0001-2.237449.676867.0173
100.5787-1.03970.11495.0563-5.6159.1977-0.0350.23380.09350.12040.05450.3665-0.9461-0.5512-0.0196-0.00050.0014-0.0001-0.0006-0.00080.0001-4.951438.652420.386
110.28810.0221.96420.00170.1513.3893-0.46030.2363-0.5617-0.95470.8992-0.05690.1864-0.0445-0.4389-0.00060.00010.0005-0.0001-0.0007-0.0004-1.9708-5.801220.0136
124.04963.31530.31537.2973-1.24578.3548-0.3766-0.0122-0.5959-1.15850.39860.4981.2881-1.1911-0.0220.0001-0.00020.00030.0004-0.00060.0003-30.1529-14.6440.8412
130.28-0.52423.58932.801-10.73646.5055-0.6143-1.5238-0.4791.00810.9293-0.30990.8405-0.7499-0.31490.0003-0.0004-0.0008-0.0004-0.0001-0.000516.082644.0614106.1974
140.88640.04250.16691.7342-0.11110.91330.054-0.31410.05590.15610.0229-0.0103-0.175-0.0343-0.0769-0.2462-0.1094-0.1105-0.2061-0.0067-0.189291.620654.958865.5998
150.7519-0.2845-0.16431.6477-0.03160.971-0.0467-0.3403-0.07270.46420.0390.5568-0.1612-0.38360.0077-0.5538-0.0312-0.09340.14260.11990.135667.256652.43480.0856
160.72190.18690.09351.8285-0.01940.51320.019-0.23530.2939-0.2105-0.0201-0.0812-0.2762-0.01060.00110.0105-0.0622-0.1307-0.1345-0.0585-0.168892.542886.729258.3104
170.6911.0213-0.09651.5095-0.14361.7854-0.00080.45270.0113-0.84120.0642-0.42450.05040.3155-0.06340.2002-0.1480.10570.0285-0.11770.058102.931360.477213.6807
186.90170.35816.00960.7667-0.00297.85730.5216-0.4768-0.11140.5847-0.2652-0.16640.63750.6257-0.2564-0.0016-0.0014-0.0036-0.0005-0.0011-0.0013137.461924.4979100.192
1910.21891.36035.39414.5098-3.32716.62730.342-0.7231-1.19740.3673-0.1109-0.5370.0598-0.2815-0.23110.0001-0.000100.0001-0.00020.0001133.789913.4487105.1889
204.88132.70884.94856.122.07475.11430.57420.5094-0.2281-0.65430.05490.7983-0.2228-0.5296-0.62910-0.00010.0002-0.00010.00020.000162.833426.065123.1309
211.57152.1644-2.6066.0837-3.99564.3747-0.0269-0.5928-0.04940.75680.08230.63680.4877-0.6788-0.05540.00010.00220.0011-0.00010.0004-0.000672.890734.005490.2893
224.82120.85160.26591.3496-0.01410.0178-0.29720.3939-0.6069-0.66010.2837-0.26261.0281-0.48070.01350.0458-0.2263-0.1222-0.00330.12510.0358100.973124.024166.8721
231.53320.31830.04193.73482.18798.62490.34460.3226-0.4615-1.0596-0.0031-0.530.15150.2123-0.3415-0.00090.0013-0.0005-0.00050.0006-0.0001102.096535.131120.2083
240.86211.4576-1.71582.4645-2.9013.4149-0.04780.33490.48-1.06730.2397-0.0420.52510.351-0.1918-0.00090.0002-0.0004-0.00020.0007098.937379.580519.9469
255.25076.592.56838.81292.7365.7139-0.16850.29650.72930.02850.3143-0.2981-0.26180.6931-0.14570.00020.0002-0.00010.00030.00030.0002128.123788.351240.6651
263.92113.9474-1.744613.6503-6.64623.2473-0.3879-1.0295-0.47940.74940.25160.2469-0.4995-0.13710.13630.000300.00050.00010.00010.000282.310632.8211104.862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 879
2X-RAY DIFFRACTION2C11 - 394
3X-RAY DIFFRACTION3B8 - 1122
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 264
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 177
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7G5 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8H9 - 82
9X-RAY DIFFRACTION9K11 - 92
10X-RAY DIFFRACTION10L1 - 91
11X-RAY DIFFRACTION11N1 - 64
12X-RAY DIFFRACTION12P6 - 48
13X-RAY DIFFRACTION13Q45 - 76
14X-RAY DIFFRACTION14W4 - 879
15X-RAY DIFFRACTION15Y11 - 394
16X-RAY DIFFRACTION16R8 - 1122
17X-RAY DIFFRACTION17S2 - 264
18X-RAY DIFFRACTION18T1 - 177
19X-RAY DIFFRACTION19U3 - 92
20X-RAY DIFFRACTION20V5 - 117
21X-RAY DIFFRACTION21Z9 - 82
22X-RAY DIFFRACTION22I11 - 92
23X-RAY DIFFRACTION23M1 - 91
24X-RAY DIFFRACTION24O1 - 64
25X-RAY DIFFRACTION25X6 - 48
26X-RAY DIFFRACTION26J47 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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