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- PDB-2vxd: The structure of the C-terminal domain of Nucleophosmin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxd
タイトルThe structure of the C-terminal domain of Nucleophosmin
要素NUCLEOPHOSMINNPM1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / CHROMOSOMAL REARRANGEMENT / PROTO-ONCOGENE (がん遺伝子) / PHOSPHOPROTEIN / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / AML / NUCLEUS (細胞核) / NUCLEOLUS (核小体) / RNA-BINDING / ACETYLATION (アセチル化)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of eIF2 alpha phosphorylation by dsRNA / regulation of mRNA stability involved in cellular response to UV / regulation of endoribonuclease activity / positive regulation of cell cycle G2/M phase transition / negative regulation of centrosome duplication / regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of centrosome duplication / regulation of centriole replication / 核小体 / positive regulation of protein localization to nucleolus ...regulation of eIF2 alpha phosphorylation by dsRNA / regulation of mRNA stability involved in cellular response to UV / regulation of endoribonuclease activity / positive regulation of cell cycle G2/M phase transition / negative regulation of centrosome duplication / regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of centrosome duplication / regulation of centriole replication / 核小体 / positive regulation of protein localization to nucleolus / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / SARS-CoV-1-host interactions / regulation of centrosome duplication / Tat protein binding / ALK mutants bind TKIs / spindle pole centrosome / cell volume homeostasis / Nuclear import of Rev protein / : / centrosome cycle / nucleocytoplasmic transport / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / protein kinase inhibitor activity / ribosomal large subunit binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ribosomal small subunit export from nucleus / ribosomal small subunit binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / ribosomal large subunit export from nucleus / NF-kappaB binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / core promoter sequence-specific DNA binding / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome assembly / molecular condensate scaffold activity / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of translation / positive regulation of protein ubiquitination / regulation of cell growth / デオキシリボ核酸 / intracellular protein transport / PKR-mediated signaling / protein localization / ribosomal small subunit biogenesis / nucleosome assembly / cellular response to UV / unfolded protein binding / 細胞老化 / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / histone binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / rRNA binding / protein stabilization / nuclear speck / クロマチンリモデリング / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / DNA修復 / 中心体 / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleophosmin, C-terminal domain / Nucleophosmin, C-terminal / Nucleophosmin C-terminal domain / Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain superfamily / Nucleoplasmin/nucleophosmin domain / Nucleoplasmin family / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Bycroft, M. / Grummitt, C.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural Consequences of Nucleophosmin Mutations in Acute Myeloid Leukemia.
著者: Grummitt, C.G. / Townsley, F.M. / Johnson, C.M. / Warren, A.J. / Bycroft, M.
履歴
登録2008年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Version format compliance
改定 1.22021年6月23日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOPHOSMIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1831
ポリマ－6,1831
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOPHOSMIN / NPM1 / NPM / NUCLEOLAR PHOSPHOPROTEIN B23 / NUMATRIN / NUCLEOLAR PROTEIN NO38


分子量: 6183.121 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 214-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P06748
配列の詳細TWO EXTRA GLYCINE RESIDUES AT THE N-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 10% WATER/90% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
Sparky構造決定
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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