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- PDB-2vj1: A Structural View of the Inactivation of the SARS-Coronavirus Mai... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2vj1
タイトルA Structural View of the Inactivation of the SARS-Coronavirus Main Proteinase by Benzotriazole Esters
要素SARS CORONAVIRUS MAIN PROTEINASE3C様プロテアーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SARS (重症急性呼吸器症候群) / PROTEASE (プロテアーゼ) / POLYPROTEIN (タンパク質分解) / THIOL PROTEASE (システインプロテアーゼ) / RIBOSOMAL FRAMESHIFT / SARS CORONAVIRUS MAIN PROTEINASE (3C様プロテアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type deubiquitinase activity => GO:0004843 / Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery ...cysteine-type deubiquitinase activity => GO:0004843 / Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral transcription / host cell membrane / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / viral genome replication / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / : / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / transferase activity / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / endonuclease activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / membrane => GO:0016020 / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
安息香酸 / 4-(DIMETHYLAMINO)BENZOIC ACID / 3C-like proteinase / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN SARS CORONAVIRUS (SARSコロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Verschueren, K.H.G. / Pumpor, K. / Anemueller, S. / Mesters, J.R. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: A Structural View of the Inactivation of the Sars Coronavirus Main Proteinase by Benzotriazole Esters.
著者: Verschueren, K.H.G. / Pumpor, K. / Anemueller, S. / Chen, S. / Mesters, J.R. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2008年7月1日ID: 2CGG
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARS CORONAVIRUS MAIN PROTEINASE
B: SARS CORONAVIRUS MAIN PROTEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2087
ポリマ－68,6862
非ポリマー5225
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area30630 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.231, 97.760, 67.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SARS CORONAVIRUS MAIN PROTEINASE / 3C様プロテアーゼ


分子量: 34343.129 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 3242-3544 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN SARS CORONAVIRUS (SARSコロナウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: A7J8L3, UniProt: P0C6X7*PLUS, EC: 3.4.34.-
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸 / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 化合物 ChemComp-XP1 / 4-(DIMETHYLAMINO)BENZOIC ACID / 4-(ジメチルアミノ)安息香酸


分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 5% PEG10000, 0.1M MES PH6.5, 3% ETHYLNE GLYCOL, 50MM NH4-ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8157
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月7日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8157 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→39.27 Å / Num. obs: 31422 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 38.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.34 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UJ1

1uj1


解像度: 2.25→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 13.502 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1575 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.187 29847 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å21.28 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3----1.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4652 0 29 302 4983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224845
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.9536586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5185613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.73224.292219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.44415787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6081525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.22167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.23245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8671.53077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48124872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17331988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1714.51708
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.379 102
Rwork0.237 2213
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
131.396519.1582-13.810416.758-13.082310.351-1.02570.1294-3.7348-0.9618-0.7414-1.44770.3738-0.43041.767100.0560.1746-0.1205-0.01020.4584-14.7183-7.991924.3341
21.9794-0.192-1.38593.51361.3932.47310.3460.11350.3668-0.8171-0.0245-0.327-0.8035-0.048-0.32150.1833-0.00510.1105-0.17730.01650.0113-4.771423.511317.4577
31.7725-0.953-0.88613.66991.45412.24970.13350.0678-0.0139-0.3039-0.0227-0.0838-0.2526-0.0226-0.1108-0.0575-0.0242-0.0071-0.13730.0169-0.075-4.28797.186217.2176
42.33756.4137-2.494626.0876-10.797513.736-0.18090.18190.1904-2.91180.58030.39420.1367-0.172-0.39940.3313-0.01010.0654-0.109-0.0209-0.04890.35110.32824.179
52.81861.4558-2.0152.8668-2.76683.6531-0.3809-0.0384-0.2443-0.35470.0508-0.20070.48810.10870.33-0.0575-0.02790.02-0.1513-0.00020.0031.7083-19.950820.399
64.35142.03860.51547.0451-1.89834.3403-0.07470.2850.13160.02980.15390.75790.1484-0.6584-0.0792-0.1621-0.0205-0.0249-0.09110.0149-0.0342-7.7853-16.224519.8816
730.80752.7199.66852.9091-2.04226.17550.82942.8444-0.9884-0.5322-0.5644-0.8577-0.58870.0955-0.265-0.06520.0108-0.07180.1897-0.0886-0.0548-16.5305-0.741214.8189
83.14751.7423-1.17441.7653-1.56564.19520.277-0.93220.25840.3281-0.24220-0.4257-0.3462-0.0348-0.128-0.0269-0.00040.2746-0.0912-0.1835-28.50040.289745.8922
93.60341.52961.29592.4697-0.5063.79830.064-0.2955-0.07260.0419-0.0898-0.09480.0508-0.2540.0258-0.1415-0.0225-0.0174-0.01-0.0157-0.1208-28.0215-3.76629.8549
104.06390.3978-5.59061.5696-9.11355.6248-0.4649-0.3896-0.5505-0.38080.14420.29414.4562-0.26650.32070.6055-0.00980.02590.18430.00420.1315-31.9523-17.980126.1493
116.50070.3496-2.04262.8218-0.06243.7713-0.06810.87870.1225-0.12850.17810.0613-0.0302-0.1801-0.11-0.1526-0.0246-0.02380.1120.0086-0.1863-31.2759-7.84272.1272
124.7496-0.2172-1.46063.24590.06244.6452-0.0520.3927-0.00230.06720.0646-0.4244-0.06230.3183-0.0127-0.1634-0.0486-0.04810.0579-0.0003-0.1438-22.4552-7.44927.232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3A99 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4A189 - 200
5X-RAY DIFFRACTION5A201 - 269
6X-RAY DIFFRACTION6A270 - 301
7X-RAY DIFFRACTION7B2 - 7
8X-RAY DIFFRACTION8B8 - 98
9X-RAY DIFFRACTION9B99 - 188
10X-RAY DIFFRACTION10B189 - 200
11X-RAY DIFFRACTION11B201 - 269
12X-RAY DIFFRACTION12B270 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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