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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vby | ||||||
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タイトル | Feast or famine regulatory protein (Rv3291c)from M. tuberculosis complexed with L-Tyrosine | ||||||
要素 | TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / M. TUBERCULOSIS (結核菌) / TYROSINE COMPLEX (チロシン) / FEAST/FAMINE REGULATORY PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATION / LRP / RV3291C / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amino acid binding / protein homooligomerization / sequence-specific DNA binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Shrivastava, T. / Ramachandran, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007 タイトル: Mechanistic Insights from the Crystal Structures of a Feast/Famine Regulatory Protein from Mycobacterium Tuberculosis H37Rv. 著者: Shrivastava, T. / Ramachandran, R. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vby.cif.gz | 63.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vby.ent.gz | 52.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vby.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/2vby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/2vby | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16530.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P96896 #2: 化合物 | ChemComp-TYR / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | L-TYROSINE (TYR): L-TYROSINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.69 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 12768 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.8→71.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-3 ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→71.25 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
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