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- PDB-2vas: Myosin VI (MD-insert2-CaM, Delta-Insert1) Post-rigor state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vas
タイトルMyosin VI (MD-insert2-CaM, Delta-Insert1) Post-rigor state
要素
  • CALMODULINカルモジュリン
  • MYOSIN VIミオシン
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / CALMODULIN-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / TRANSPORT / CALMODULIN (カルモジュリン) / ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / MG.ADP.BEFX / CAM / MYOSIN (ミオシン) / NUCLEUS (細胞核) / MEMBRANE (生体膜) / MYOSIN VI (ミオシン) / CYTOPLASM (細胞質) / GOLGI APPARATUS (ゴルジ体) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / MOLECULAR MOTOR (分子モーター) / ATP-BINDING / COILED COIL (コイルドコイル) / ACTIN-BINDING / POST-RIGOR STATE / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


metarhodopsin inactivation / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere / rhabdomere development / myosin V complex / : ...metarhodopsin inactivation / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere / rhabdomere development / myosin V complex / : / regulation of secretion / kinetochore organization / : / actin filament-based movement / rhodopsin mediated signaling pathway / Neutrophil degranulation / inner ear auditory receptor cell differentiation / myosin V binding / channel regulator activity / vesicle transport along actin filament / cellular response to ethanol / myosin complex / クラスリン / microfilament motor activity / muscle cell cellular homeostasis / inner ear morphogenesis / myosin heavy chain binding / mitotic spindle pole / filamentous actin / 微絨毛 / centriole replication / cytoskeletal motor activity / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / enzyme regulator activity / ruffle / 中心小体 / filopodium / actin filament organization / マイクロフィラメント / ADP binding / sensory perception of sound / intracellular protein transport / 紡錘体 / spindle / ruffle membrane / エンドサイトーシス / actin filament binding / sensory perception of smell / マイクロフィラメント / 細胞皮質 / midbody / cytoplasmic vesicle / 核膜 / vesicle / calmodulin binding / protein phosphorylation / 中心体 / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2980 / Alpha-Beta Plaits - #1590 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #820 / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / : / Myosin VI, lever arm / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / Myosin VI cargo binding domain / Myosin S1 fragment, N-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2980 / Alpha-Beta Plaits - #1590 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #820 / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / : / Myosin VI, lever arm / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / Myosin VI cargo binding domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Kinesin motor domain / キネシン / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Kinesin motor domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand domain pair / Helix non-globular / EF-hand, calcium binding motif / Special / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / カルモジュリン / Unconventional myosin-VI
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Menetrey, J. / Llinas, P. / Cicolari, J. / Squires, G. / Liu, X. / Li, A. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: The Post-Rigor Structure of Myosin Vi and Implications for the Recovery Stroke.
著者: Menetrey, J. / Llinas, P. / Cicolari, J. / Squires, G. / Liu, X. / Li, A. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A.
履歴
登録2007年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN VI
B: CALMODULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4039
ポリマ－106,7252
非ポリマー6787
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-32.9 kcal/mol
Surface area49100 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.420, 100.470, 174.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MYOSIN VI / ミオシン / UNCONVENTIONAL MYOSIN VI


分子量: 89899.477 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN-INSERT2,RESIDUES 2-277,304-377,379-816 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INSERT1 DELETION (C278-A303) / 由来: (組換発現) SUS SCROFA (ブタ) / プラスミド: SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q29122
#2: タンパク質 CALMODULIN / カルモジュリン / CAM


分子量: 16825.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62152

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非ポリマー , 5種, 161分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE ORIGINAL SEQUENCE (UNIPROT Q29122) OF MYOSIN VI FROM PIG WAS MOST LIKELY ...THE AUTHORS STATE THAT THE ORIGINAL SEQUENCE (UNIPROT Q29122) OF MYOSIN VI FROM PIG WAS MOST LIKELY INCORRECT BECAUSE THE CHANGES THAT ARE IN THEIR CLONE (LYS DELETION AND THE 6 MUTATIONS) ARE CONSERVED ACROSS THE MYOSIN VI FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 8% PEG 8000, 50MM GLYCINE PH 9.5, 6% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.97 Å / Num. obs: 51218 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BKH

2bkh


解像度: 2.4→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 7.393 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 2628 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 48522 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20 Å2
2---0.89 Å20 Å2
3---1.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7023 0 36 154 7213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9589452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5545866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1624.327342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.872151205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.771541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.22949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.24814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8061.54432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03426893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54832887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4714.52559
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 185
Rwork0.255 3544

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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